若单位媒体号留言存在毁谤行为，您可采取以下法律措施维护自身权益：

1. 固定证据
   首先需通过截图、录屏、公证等方式固定留言内容及发布时间，确保证据完整且未被篡改。若留言涉及第三方平台（如微博、微信公众号），可同步联系平台方要求提供后台数据备份，以增强证据效力。

2. 明确侵权主体
   需区分留言是单位官方行为还是员工个人行为：

   • 若为单位官方行为：可直接以单位为被告，主张其通过媒体号实施名誉侵权，需证明留言内容与单位意志存在关联性（如留言使用单位账号、内容涉及单位业务等）。
     
   • 若为员工个人行为：需证明留言者与单位存在劳动关系（如劳动合同、工牌等），且留言内容与职务相关（如利用职务便利发布不实信息），此时可依据《民法典》第1191条主张单位承担连带责任。

3. 选择维权路径

   • 协商解决：向单位或留言者发送律师函，要求删除留言、公开道歉并赔偿损失。此方式成本较低，但需注意保留送达证据（如EMS邮寄回执、电子邮件发送记录）。
     
   • 行政投诉：若留言涉及侮辱、诽谤且情节较轻，可向公安机关报案，依据《治安管理处罚法》第42条要求对行为人处以拘留或罚款。
     
   • 民事诉讼：若协商、投诉未果，可向法院提起名誉权纠纷诉讼，主张停止侵害、消除影响、恢复名誉、赔礼道歉及赔偿精神损害抚慰金（需证明留言导致社会评价降低，如引发他人误解、造成经济损失等）。

4. 注意事项

   • 时效性：民事诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，建议尽快启动程序。
     
   • 反诉风险：若单位以您“恶意投诉”为由反诉，需提前准备反驳证据（如留言内容明显不实、您已尽到合理核实义务等）。
     
   • 舆论引导：若事件已引发公众关注，可同步通过官方渠道发布澄清声明，避免损失扩大，但需注意声明内容需客观真实，避免构成对单位的二次侵权。

建议：具体操作前可向我提供留言内容、发布平台、单位性质等细节，我将进一步分析侵权构成要件及证据链完整性，协助制定维权方案。