核心结论：工伤医生证明建议休假期间，厂里发放的工资一般应按照您受伤前12个月的平均工资来计算，而非仅按基本工资底薪或您所称的“自己的底薪”来发放。不过，具体数额可能会因地区、公司政策及劳动合同的具体条款而有所差异。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”通常指的是职工受伤前12个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等所有福利待遇。

2. 工资计算方式：

   • 平均工资计算：平均工资的计算应涵盖您受伤前12个月内的所有工资性收入，包括但不限于基本工资、奖金、津贴、补贴等。这是为了确保您在停工留薪期间的经济利益不受损失。
   • 特殊情况：如果您的劳动合同或公司规章制度中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么工资的发放可能会按照约定执行。但这种情况较为少见，且通常需要经过您的同意。

3. 地区差异与公司政策：

   • 地区差异：不同地区的工伤保险政策和实施细则可能有所不同，因此具体的工资发放标准也可能存在差异。建议您咨询当地的劳动保障部门或社保机构，以获取更准确的信息。
   • 公司政策：一些公司可能会根据自己的经营状况和人力资源政策，制定更为详细的工资发放规定。但这些规定必须符合法律法规的要求，且不得损害您的合法权益。

4. 建议与行动：

   • 核实工资条：首先，您可以核实自己的工资条，了解受伤前12个月的平均工资构成，以便在与公司协商时有所依据。
   • 与公司沟通：如果公司仅按基本工资底薪或您所称的“自己的底薪”发放工资，您可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确表达自己的诉求和依据。
   • 寻求法律援助：如果沟通无果，您可以向当地的劳动保障部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

可能遇到的法律后果：

• 如果公司违反法律法规的规定，仅按基本工资底薪或低于您受伤前12个月平均工资的标准发放工资，您有权要求公司补足差额，并可能因此获得相应的经济补偿或赔偿。
• 在极端情况下，如果公司拒不改正且情节严重，还可能面临劳动保障部门的行政处罚或法律诉讼。

总结与提醒： 工伤医生证明建议休假期间，工资的发放应遵循法律法规的规定，确保您的合法权益不受损害。如果您在工资发放方面遇到任何问题或疑虑，欢迎随时向我咨询，我将竭诚为您提供专业的法律帮助。