结论：培训特种作业的机构要求培训学员签订仅补考一次的协议，其合法性并非绝对，而是取决于协议的具体内容、签订过程以及是否违反相关法律法规的强制性规定。以下从多个角度进行分析：

一、协议内容的合法性

1. 自愿原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应当遵循自愿原则。如果学员在签订协议时是出于自愿，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在内容上是合法的。

2. 限制补考次数的合理性：协议中限制补考次数本身并不违法，但关键在于这种限制是否合理。如果限制补考次数是为了保证培训质量，防止学员无限期拖延考试，且学员在签订协议时对此有充分了解并同意，那么这种限制是合理的。然而，如果限制补考次数过于苛刻，导致学员无法在合理时间内通过考试，从而损害了学员的合法权益，那么这种限制可能被视为不合法。

3. 其他条款的合法性：除了限制补考次数外，协议中还可能包含其他条款，如培训费用、培训内容、考试方式等。这些条款的合法性也需要根据相关法律法规进行审查。例如，如果协议中规定学员未通过考试需支付高额的额外费用，且这种费用没有合理的依据，那么该条款可能被视为违法。

二、签订过程的合法性

1. 信息披露：在签订协议前，培训机构应当向学员充分披露协议的内容，包括限制补考次数的具体规定、可能产生的后果等。如果培训机构未履行信息披露义务，导致学员在不知情的情况下签订了协议，那么该协议可能因存在欺诈或误导而无效。

2. 学员的同意：学员在签订协议时应当是出于自愿，且对协议内容有充分了解。如果学员是在被胁迫、欺诈或误导的情况下签订了协议，那么该协议可能因缺乏学员的真实同意而无效。

三、相关法律法规的考量

1. 特种作业培训的相关规定：特种作业培训通常受到相关法律法规的严格监管。如果协议中的限制补考次数等条款违反了特种作业培训的相关规定，那么该协议可能因违法而无效。

2. 消费者权益保护：学员作为消费者，在接受特种作业培训服务时享有相应的权益。如果协议中的条款损害了学员的消费者权益，如限制补考次数导致学员无法获得合理的培训服务，那么该条款可能因违反消费者权益保护法而无效。

四、建议与风险提示

1. 审查协议内容：在签订协议前，学员应当仔细审查协议内容，特别是关于限制补考次数的条款。如果学员对协议内容有疑问或不确定，可以寻求专业法律人士的帮助。

2. 保留证据：在签订协议过程中，学员应当保留好相关证据，如协议文本、信息披露材料、沟通记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中可能起到关键作用。

3. 寻求法律救济：如果学员认为协议中的条款违法或损害了自己的合法权益，可以寻求法律救济。例如，可以向当地消费者协会投诉、向相关行政部门举报或提起民事诉讼等。

总结来说，培训特种作业的机构要求培训学员签订仅补考一次的协议，其合法性并非绝对。学员在签订协议前应当仔细审查协议内容、了解相关法律法规，并在必要时寻求专业法律人士的帮助。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。