在两人打架导致一方重伤但证据不足的情况下，司法机关会依据现有证据、法律规定及刑事诉讼原则进行综合处理，具体可能涉及以下几种情形：

1. 公安机关的侦查阶段
   根据《刑事诉讼法》第113条，公安机关对报案、控告、举报或自首的材料，应迅速审查并决定是否立案。若证据不足，公安机关可能采取以下措施：

   • 补充侦查：通过调取监控录像、询问目击证人、鉴定伤情成因、分析作案工具等方式进一步收集证据。
     
   • 不立案决定：若经侦查仍无法证明犯罪事实存在或犯罪嫌疑人明确，公安机关可出具《不予立案通知书》，但需说明理由。
     
   • 行政处罚：若证据仅能证明存在治安违法行为（如互殴），可能依据《治安管理处罚法》对双方处以拘留或罚款。

2. 检察机关的审查阶段
   若公安机关提请批准逮捕或移送审查起诉，检察机关需严格审查证据：

   • 证据不足不批捕/不起诉：根据《刑事诉讼法》第175条，若证据不足以证明有犯罪事实或需追究刑事责任，检察机关可作出不批准逮捕或不起诉决定。
     
   • 退回补充侦查：检察机关可要求公安机关补充证据，若两次补充侦查后证据仍不足，应作出不起诉决定。
     
   • 存疑不起诉的后果：不起诉决定具有终止刑事诉讼程序的效力，但若后续发现新证据，可重新启动诉讼。

3. 法院审判阶段
   若案件进入审判程序，法院需遵循“疑罪从无”原则：

   • 证据不足无罪判决：根据《刑事诉讼法》第200条，若证据不足、不能排除合理怀疑，法院应判决被告人无罪。
     
   • 民事赔偿的独立处理：刑事证据不足不影响受害方通过民事诉讼主张赔偿，但需承担“谁主张，谁举证”的举证责任。

4. 证据不足的实务挑战

   • 伤情鉴定的重要性：重伤鉴定需符合《人体损伤程度鉴定标准》，若鉴定意见存在争议（如伤情成因），可能影响案件定性。
     
   • 证人证言的局限性：若目击证人拒绝作证或证言矛盾，需结合其他证据（如现场痕迹、通讯记录）综合判断。
     
   • 犯罪嫌疑人的权利保障：即使证据不足，公安机关也可依法对嫌疑人采取取保候审、监视居住等强制措施，但需符合法定条件。

建议行动方向：

• 对受害方：及时固定证据（如医疗记录、现场照片），申请公安机关调取监控或委托司法鉴定，若刑事程序受阻可考虑民事侵权诉讼。
  
• 对嫌疑方：若被采取强制措施，可申请变更强制措施或委托律师提出无罪辩护意见，重点质疑证据的合法性、关联性及证明力。
  

法律依据：

• 《刑事诉讼法》第55条（证据确实、充分标准）、第175条（补充侦查）、第200条（无罪判决条件）
  
• 《人体损伤程度鉴定标准》
  
• 《治安管理处罚法》第43条（殴打他人处罚）
  

如有具体案情或证据细节需进一步分析，可直接向我咨询。