结论：事业编制人员职务侵占3万多，多年后被发现并主动返还，仍然有可能被追究责任。具体是否追究，需结合追诉时效、犯罪情节及是否存在特殊情况等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、职务侵占罪的追诉时效

根据《刑法》第八十七条，犯罪经过下列期限不再追诉：

• 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；
• 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；
• 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；
• 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。

对于职务侵占罪，根据《刑法》第二百七十一条，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。因此，若职务侵占数额较大（如3万多），法定最高刑为三年有期徒刑，其追诉时效为五年。这意味着，在五年内，司法机关均有权追究刑事责任。

二、主动返还的影响

主动返还侵占的财物，是犯罪嫌疑人的一种悔罪表现，可以在量刑时作为从轻或减轻处罚的情节考虑。然而，主动返还并不影响追诉时效的计算。即使犯罪嫌疑人多年后主动返还了财物，只要仍在追诉时效内，司法机关仍然可以追究其刑事责任。

三、特殊情况下的追诉

根据《刑法》及相关司法解释，存在两种特殊情况不受追诉时效的限制：

1. 在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的。若职务侵占行为在立案侦查或受理案件后，犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，则不受追诉时效的限制。
2. 被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的。若被害人在追诉期限内提出控告，但司法机关未予立案，则也不受追诉时效的限制。

四、具体案例分析

在您描述的案例中，事业编制人员职务侵占3万多，多年后被发现并主动返还。若该行为发生在五年内，且不存在上述特殊情况，则司法机关仍然可以追究其刑事责任。但考虑到主动返还的悔罪表现，量刑时可能会从轻或减轻处罚。

五、法律建议

1. 及时自首：若犯罪嫌疑人意识到自己的行为可能构成犯罪，建议及时向司法机关自首，以争取从轻或减轻处罚。
2. 积极退赃：主动返还侵占的财物，是悔罪的重要表现，有助于在量刑时获得从轻或减轻处罚。
3. 咨询专业律师：在面临法律问题时，建议及时咨询专业律师，以了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。

最后，职务侵占行为是违法的，无论数额大小，都应受到法律的制裁。作为事业编制人员，更应遵守法律法规和职业道德规范，共同维护社会的公平和正义。若您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。