建设工程施工合同纠纷确实适用专属管辖，应由建设工程所在地的人民法院进行专属管辖。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条：
- 该条款明确规定了专属管辖的情形，其中包括因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。建设工程施工合同纠纷，作为与不动产紧密相关的纠纷类型，自然适用这一规定。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条：
- 该条款进一步细化了不动产纠纷的范围，明确指出建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖。这为建设工程施工合同纠纷的专属管辖提供了更为具体的法律依据。
二、专属管辖的合理性
便于法院查明事实：
- 建设工程施工合同纠纷往往涉及工程质量、工程款支付等复杂问题，这些问题的查明需要实地勘查、调查取证。由建设工程所在地的人民法院进行管辖，可以更方便地进行这些工作，从而准确查明案件事实。
有利于判决的执行：
- 如果判决涉及工程修复、整改等执行内容，由建设工程所在地的人民法院进行管辖，可以更直接地监督执行过程，确保判决得到有效执行，从而保障当事人的合法权益。
维护法律秩序和交易安全：
- 专属管辖的规定有助于避免管辖争议，确保纠纷得到公正、有效的解决。这有助于维护法律秩序，保障建设工程领域的交易安全和稳定。
三、不适用专属管辖的特殊情况
尽管建设工程施工合同纠纷通常适用专属管辖，但也存在例外情况。例如：
协议管辖约定：
- 如果建设工程施工合同的当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。但需要注意的是，这种约定必须明确且合法，否则可能被视为无效。
特定法律规定的不适用：
- 在某些特定情况下，最高人民法院可能通过司法解释或其他规范性文件对专属管辖的规定进行例外处理。但这种情况相对较少，且需要具体分析相关法律规定和案件事实。
四、实践建议
合同签订时：
- 在签订建设工程施工合同时，建议明确约定纠纷管辖法院为工程所在地法院。这可以避免后续可能发生的管辖争议，确保纠纷得到及时、有效的解决。
纠纷发生时：
- 如果发生建设工程施工合同纠纷，建议及时向工程所在地的人民法院提起诉讼。同时，注意收集和保存相关证据，以便在诉讼过程中维护自己的合法权益。
综上所述，建设工程施工合同纠纷适用专属管辖是法律明确规定的原则。在处理此类纠纷时，应严格遵循这一原则，确保纠纷得到公正、有效的解决。如果您在建设工程施工合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。