在聚众斗殴案件中，即使涉案人员未全部抓捕归案，司法机关也会根据已有证据和事实，依法对案件进行处理，确保已到案人员受到应有的法律制裁，并继续追捕在逃人员。以下是从不同阶段对这一问题的详细分析：
侦查阶段
持续追捕：
- 公安机关会采取多种侦查手段，如发布通缉令、调查嫌疑人社会关系、追踪手机定位信息等，全力追捕在逃犯罪嫌疑人。
- 同时，公安机关会向可能藏匿的地区发布协查通报，请求当地公安机关协助抓捕，确保不遗漏任何线索。
对已抓获人员的处理：
- 对已抓获的犯罪嫌疑人，公安机关会依法进行讯问，收集相关证据，包括现场勘查笔录、物证、证人证言等。
- 若证据充分，足以证明犯罪事实，公安机关将按照法定程序移送人民检察院审查起诉，确保案件顺利进入下一阶段。
证据固定和补充：
- 公安机关会进一步收集和固定与案件相关的各种证据，形成完整的证据链。
- 同时，关注已抓获人员提供的关于在逃人员的线索，以完善证据链条，为后续追捕和审判提供有力支持。
审查起诉阶段
对已抓获人员的起诉：
- 人民检察院收到公安机关移送的案件后，会对已抓获人员的犯罪事实和证据进行审查。
- 若认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院将依法对已到案的犯罪嫌疑人提起公诉，确保案件进入审判阶段。
对在逃人员的处理：
- 检察院会要求公安机关继续追捕在逃人员，确保案件的完整性。
- 在必要时，检察院可自行补充侦查与在逃人员有关的证据，为后续审判提供充分依据。
审判阶段
对已抓获人员的审判：
- 法院会对已被提起公诉的犯罪嫌疑人进行审判，根据查明的事实和证据，依法对已到案人员作出判决。
- 即使部分嫌疑人在逃，也不影响对已到案人员的定罪量刑，法院将依据法律规定和案件事实作出公正判决。
在逃人员归案后的处理：
- 若在逃人员在案件审理过程中或判决生效后被抓获，司法机关将对其单独进行侦查、审查起诉和审判。
- 审判时会考虑其在聚众斗殴中的具体行为和情节，依法作出判决，并参考之前已审结案件的情况，确保量刑的平衡和公正。
特殊规定与延期处理
- 若在接近三十天时仍未抓获违法嫌疑人，办案民警需写情况说明并逐级向上级呈报申请延长办案期限，以确保案件得到妥善处理。
- 若六十天内仍无法找到违法嫌疑人，案件将归档但并未结束。一旦有新线索或证据出现，公安机关将继续追查，确保不放过任何犯罪嫌疑人。
建议
- 积极配合司法机关：如果您是案件的相关人员，如受害人或证人，请积极配合司法机关的工作，提供有助于抓捕在逃人员和查明案件事实的线索和证据。
- 关注案件进展：您可以关注案件的进展情况，了解司法机关对已到案人员的处理结果和在逃人员的追捕情况，以便及时采取相应措施。
- 增强法律意识：社会各界应加强法制宣传和教育，提高公众对聚众斗殴等违法犯罪行为的认识和警惕性，共同维护社会公共秩序和安全。
总之，在聚众斗殴案件中，即使涉案人员未全部抓捕归案，司法机关也会依法、有序地对案件进行处理。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。