结论：车辆被扣在车管所期间自燃，责任归属需根据具体情况判断，可能涉及车管所、车主或第三方责任。以下从不同角度进行分析：
一、车管所责任角度
管理责任：
- 车管所作为车辆扣留期间的管理方，有义务确保车辆的安全存放。如果车管所未能尽到合理的管理义务，如未提供安全的存放环境、未采取必要的防火措施等，导致车辆自燃，那么车管所可能需要承担相应的赔偿责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
举证责任：
- 车主若主张车管所承担责任，需提供证据证明车管所存在过错，且该过错与车辆自燃之间存在因果关系。例如，可以提供现场监控录像、消防部门出具的火灾原因鉴定报告等。
二、车主责任角度
车辆状况：
- 如果车辆自燃是由于车辆本身存在缺陷或故障，且该缺陷或故障在车辆被扣留前已存在，那么车主可能需要承担一定的责任。特别是如果车主明知车辆存在安全隐患而未采取措施消除，导致自燃发生。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，如果车主对车辆自燃存在过错，也应承担相应的责任。
保险情况：
- 如果车辆已投保自燃险，且自燃属于保险责任范围，那么车主可以向保险公司索赔。但需注意，保险公司可能会根据保险条款对索赔进行审核，如车辆是否按时年检、是否进行过非法改装等。
三、第三方责任角度
第三方行为：
- 如果车辆自燃是由于第三方的行为导致的，如恶意纵火、违规操作等，那么第三方应承担相应的法律责任。车主可以向第三方追偿，或要求车管所协助追偿（如果车管所存在管理疏忽）。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》中关于放火罪、故意毁坏财物罪等相关规定，第三方可能面临刑事处罚；同时，根据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的相关规定，第三方还需承担民事赔偿责任。
不可抗力：
- 如果车辆自燃是由于不可抗力因素导致的，如自然灾害（如雷击、地震等）引发的火灾，那么通常不追究任何一方的责任。但需注意，不可抗力需满足不能预见、不能避免且不能克服的条件。
四、建议与行动
及时报警与取证：
- 车辆自燃后，车主应立即报警并通知车管所。同时，尽可能收集现场证据，如拍照、录像等，以便后续维权。
咨询专业律师：
- 鉴于责任归属的复杂性，建议车主在发生此类事件后及时咨询专业律师（即向我咨询），以便根据具体情况分析责任归属并制定维权策略。
配合调查与处理：
- 车主应积极配合车管所、消防部门等相关部门的调查工作，提供必要的协助和信息。同时，根据调查结果和律师建议，采取相应的法律行动。