若车辆自燃司机被认定负主要责任，司机可采取以下措施应对，核心结论如下：

1. 核查责任认定依据是否充分
   根据《道路交通事故处理程序规定》，交警部门对事故责任的认定需基于充分证据（如现场勘查记录、车辆检测报告、证人证言等）。若司机认为责任划分不合理（例如自燃因车辆质量缺陷导致，或存在第三方引发火源），可要求交警部门出具详细的事故认定书，并核实其中引用的法律依据（如《道路交通安全法》第22条关于驾驶员安全义务的规定）。若证据不足或逻辑矛盾，司机有权在收到认定书3日内向上一级交警部门申请复核。

2. 区分自燃原因，明确责任边界
   自燃责任需结合具体原因判断：

   • 车辆自身缺陷：若自燃因车辆设计、制造缺陷（如电路老化、油箱位置不合理）引发，根据《民法典》第1202条（产品责任），司机可向生产者或销售者主张赔偿，此时司机的主要责任可能被推翻或减轻。需提供车辆质检报告、同型号车辆故障记录等证据。
     
   • 驾驶员操作或维护不当：若自燃因驾驶员违规操作（如私自改装电路、未按规定保养）或故意行为（如遗留火种）导致，司机需承担主要责任。但若驾驶员能证明已尽到合理注意义务（如定期保养记录、无违规操作证据），可主张责任比例调整。
     
   • 第三方过错：若自燃由第三方引发（如其他车辆碰撞遗留火种、道路障碍物导致车辆受损后自燃），根据《民法典》第1165条（过错责任），第三方应承担主要责任，司机责任相应减轻。
     

3. 通过法律程序主张权利
   若对责任认定或赔偿金额有争议，司机可采取以下途径：

   • 行政复议：向作出责任认定的交警部门上级机关申请复核，需在收到认定书3日内提交书面申请，说明复核理由及证据。
     
   • 民事诉讼：若涉及财产损失赔偿（如车辆损毁、货物损失），可向法院起诉责任方（如生产者、第三方侵权人）要求赔偿，需提供损失清单、维修发票、鉴定报告等证据。
     
   • 刑事报案（如适用）：若自燃因他人故意纵火导致，司机应立即报警，由公安机关立案侦查，追究犯罪嫌疑人刑事责任。
     

建议：司机需第一时间固定证据（如拍摄现场照片、保存维修记录、联系消防部门出具火灾原因鉴定），并咨询专业律师分析责任划分的合理性。若您有具体证据或案件细节，可直接向我说明，我将进一步为您分析应对方案。