公司规定年假只有3天是否违法，主要取决于职工的具体工作年限。以下是对此问题的详细分析：
对于累计工作不满1年的新员工：
- 根据《职工带薪年休假条例》，法律并未强制要求公司为累计工作不满1年的新员工提供带薪年假。因此，在这种情况下，公司规定3天年假，且该规定不违反其他法律法规，通常被视为合法。但这也并非绝对，如果劳动合同或公司规章制度中有更优厚的年假待遇，则应按照约定执行。
对于累计工作已满1年不满10年的员工：
- 按照《职工带薪年休假条例》第三条的规定，此类员工应享有至少5天的带薪年假。如果公司统一规定只有3天年假，这明显减少了员工应得的年假天数，侵犯了员工的合法权益，因此是不合法的。员工有权向公司提出异议，并要求按照法律规定享受相应的年假待遇。
对于累计工作已满10年不满20年的员工：
- 法律规定的带薪年假为10天。若公司规定年假仅3天，这远低于法定标准，显然属于违法行为。员工应依法维护自己的权益，可以向公司提出申诉或向劳动监察部门举报。
对于累计工作已满20年的员工：
- 此类员工应享有的带薪年假为15天。公司若规定年假仅为3天，同样违反了法律规定，员工有权采取相应措施维护自身权益。
操作建议：
员工角度：
- 在入职前应仔细了解公司的年假政策，并与国家法律法规进行比对，确保自己的合法权益不受侵害。
- 如发现公司规定的年假天数低于法定标准，员工应及时与公司沟通协商，要求调整年假政策以符合法律规定。
- 若公司拒绝调整或协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或申请劳动仲裁，寻求法律援助以维护自己的合法权益。
公司角度：
- 公司应制定合法合规的年假政策，确保员工的年假待遇符合国家法律法规的规定。
- 在制定年假政策时，应充分考虑员工的工作年限和实际情况，给予员工合理的年假天数。
- 如因特殊情况需要调整年假政策，应提前与员工进行沟通协商，并取得员工的同意。
法律依据：
- 《职工带薪年休假条例》第三条：职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
综上所述，公司规定年假3天的合法性取决于员工的具体工作年限及国家相关法律法规的规定。员工应充分了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。