针对占股1%的股东不配合公司变更的情况，您可以按照以下步骤来处理：

1. 明确法律依据与公司章程规定：

   • 首先，需要详细查阅公司章程以及《公司法》等相关法律法规，特别是关于股东权利、义务以及公司变更（如股权转让、法定代表人变更等）的具体程序和条件。公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司运营的基本规则和股东之间的权利义务关系。若该股东的不配合行为违反了章程或法律规定，您可据此采取进一步措施。

2. 尝试沟通与协商：

   • 在采取正式法律手段之前，建议与该股东进行沟通，了解其不配合的具体原因。有时候，股东可能由于信息不对称、误解或个人顾虑等原因而拒绝配合。通过沟通，您可以尝试消除这些障碍，达成共识，从而避免不必要的法律纠纷。

3. 依法召集并召开股东会：

   • 若沟通无果，您应按照公司章程及《公司法》的规定，召集并召开股东会会议。会议需提前通知所有股东，确保会议的合法性以及表决的有效性。在会议上，就公司变更事宜进行表决，并确保表决结果达到法定或章程规定的比例。对于占股1%的股东，虽然其持股比例较小，但其表决权仍应得到尊重，且其不配合不应成为阻碍公司变更的合法理由。

4. 形成有效决议并采取行动：

   • 股东会形成的关于公司变更的决议，必须经代表相应表决权的股东通过（具体比例根据公司章程或《公司法》规定）。一旦决议有效通过，公司应立即着手准备变更登记所需的相关材料，并向原公司登记机关提交变更申请。对于不配合的股东，公司可以在决议中明确其应履行的义务和可能面临的法律责任。

5. 考虑法律救济途径：

   • 如果该股东无视股东会的有效决议，拒绝配合办理变更登记手续，公司或其他股东有权向法院提起诉讼。诉讼请求可包括确认股东会决议的效力以及要求该股东履行配合办理变更登记的义务。法院经审理后，若认为股东会决议合法有效，将作出相应判决，公司可依据该判决再次向法院申请强制执行。

6. 办理变更登记与后续事宜：

   • 在取得法院生效判决或该股东主动配合的情况下，公司应尽快准备好所有必要的变更登记材料，并向原公司登记机关提交申请。登记机关经审查认为申请材料齐全、符合法定形式的，将予以变更登记，完成公司变更。

额外建议：

• 在处理此类问题时，建议保持冷静和理性，避免情绪化决策。
• 尽可能收集并保留所有相关证据，如沟通记录、股东会决议、法律文件等，以备不时之需。
• 如果公司变更涉及重大利益调整或复杂法律关系，建议咨询专业律师以获取更全面的法律意见和支持。

可能面临的法律后果：

• 如果该股东的不配合行为构成违法或违约，其可能面临法律责任，如赔偿损失、承担诉讼费用等。
• 公司或其他股东在依法维护自身权益的过程中，也应遵守法律法规和公司章程的规定，避免采取过激或非法手段。

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