关于医疗机构一个科室挂两个门诊牌是否违法的问题，这主要取决于门诊的命名是否符合相关法规和管理要求。

首先，我们需要明确的是，医疗机构在设置门诊并命名时，必须严格遵守《医疗机构管理条例》及其实施细则，以及《医疗机构诊疗科目名录》的相关规定。这些法规要求医疗机构科学合理设置门诊，并确保门诊诊疗服务项目与《医疗机构执业许可证》上登记的医疗机构级别类别、诊疗科目及所承担的功能和任务相适应。

在门诊命名方面，法规要求医疗机构应当遵循依法合规、科学规范、清晰准确的原则。门诊名称应当与诊疗科目相匹配，可以在一级诊疗科目基础上，依据二级诊疗科目进行细化，如“内科门诊”、“外科门诊”等。同时，法规也明确禁止使用模糊、笼统或容易混淆的名称，以及可能产生歧义或误导患者的名称。

现在，我们回到问题本身。如果一个科室挂两个门诊牌，我们需要考察这两个门诊牌的名称是否都符合上述法规要求。如果两个门诊牌的名称都清晰准确地反映了该科室的诊疗科目和特色，且没有违反任何命名规定，那么这种做法并不违法。例如，一个心血管内科可能同时挂有“心血管内科门诊”和“高血压病（特色）门诊”两个牌子，如果这两个门诊的诊疗服务都符合其名称所描述的范围，且没有误导患者，那么这种做法是合理的。

然而，如果两个门诊牌的名称存在模糊、笼统、容易混淆或可能产生歧义的情况，或者违反了其他命名规定，那么这种做法就可能构成违法。此外，如果医疗机构通过挂两个门诊牌的方式，试图扩大其诊疗范围或误导患者，那么这种行为也是不被允许的。

因此，要判断一个科室挂两个门诊牌是否违法，我们需要具体考察这两个门诊牌的名称是否符合相关法规和管理要求。如果医疗机构在设置门诊并命名时能够严格遵守法规要求，确保门诊名称的清晰准确和合法合规，那么一个科室挂两个门诊牌并不一定违法。但如果存在违规情况，就可能面临法律责任。