劳动纠纷并非完全不适用《保障农民工工资支付条例》，而是要看纠纷的具体性质和涉及的内容。以下从几个角度详细分析：

1. 《保障农民工工资支付条例》的适用范围：

   • 该条例主要规范的是农民工工资支付问题，旨在保障农民工按时足额获得工资。它明确了用人单位支付农民工工资的责任、工资支付的形式和周期、工资清偿的责任主体等关键内容。
   • 如果劳动纠纷的核心问题是农民工工资的支付，如拖欠工资、工资计算错误等，那么显然适用该条例。条例为农民工提供了明确的维权途径和法律保障。

2. 劳动纠纷的多样性：

   • 劳动纠纷不仅仅局限于工资支付问题，还包括劳动合同的签订、履行、变更、解除和终止，工作时间和休息休假，社会保险和福利，劳动保护、劳动条件和职业危害防护等多个方面。
   • 对于这些非工资支付类的劳动纠纷，虽然不直接适用《保障农民工工资支付条例》，但可能适用《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。

3. 条例与其他法律法规的衔接：

   • 在处理劳动纠纷时，需要综合考虑多部法律法规的规定。例如，在处理农民工工资支付问题时，除了依据《保障农民工工资支付条例》外，还可能涉及《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定。
   • 如果劳动纠纷涉及多个方面，如既涉及工资支付又涉及劳动合同解除，那么就需要同时依据多部法律法规进行综合判断和处理。

4. 实际案例与操作建议：

   • 在实际案例中，如果农民工遇到工资支付问题，首先可以依据《保障农民工工资支付条例》进行维权。如果问题复杂或涉及其他方面，建议咨询专业律师，以便更全面地了解自己的权益和维权途径。
   • 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保农民工工资的按时足额支付，避免引发劳动纠纷。同时，在处理其他劳动纠纷时，也应依法行事，维护劳动关系的和谐稳定。

总结与建议：

• 劳动纠纷是否适用《保障农民工工资支付条例》取决于纠纷的具体性质和涉及的内容。对于工资支付类纠纷，该条例提供了明确的法律保障；对于其他类型的劳动纠纷，则可能适用其他相关法律法规。
• 在处理劳动纠纷时，建议双方首先尝试通过协商、调解等非诉讼方式解决争议。如果无法达成一致，可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。