水务局作为用人单位，可以依法辞去内设机构灌区负责人的职务，但必须遵循法定程序和条件，否则可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。以下从不同角度为你详细分析：
一、从劳动合同解除的法定条件来看
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同，必须符合法定情形，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害、被依法追究刑事责任等，或者用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同。
若灌区负责人存在法定解除情形：
- 如果灌区负责人存在严重违反水务局规章制度、严重失职给水务局造成重大损害、被依法追究刑事责任等情形，水务局可以依据《劳动合同法》的相关规定，单方面解除与灌区负责人的劳动合同，且无需支付经济补偿。
若灌区负责人不存在法定解除情形：
- 如果灌区负责人不存在上述法定解除情形，水务局想要辞去其职务，则需要与灌区负责人协商一致，并签订解除劳动合同的协议。在协商过程中，水务局应明确解除劳动合同的原因、时间、经济补偿等事项，并确保协议内容合法、有效。
二、从解除劳动合同的程序来看
无论基于何种原因解除劳动合同，水务局都必须遵循法定程序，包括提前通知、支付经济补偿（如适用）、办理离职手续等。
提前通知：
- 如果水务局决定与灌区负责人解除劳动合同，且不属于劳动者存在过错或协商一致解除的情形，水务局应提前三十日以书面形式通知灌区负责人，或者额外支付一个月工资作为代通知金。
支付经济补偿：
- 如果解除劳动合同是由于水务局的原因（如业务调整、机构改革等），且灌区负责人不存在过错，水务局应按照《劳动合同法》的规定，向灌区负责人支付经济补偿。经济补偿的标准根据灌区负责人在水务局的工作年限和月工资确定。
办理离职手续：
- 解除劳动合同后，水务局应为灌区负责人办理离职手续，包括结算工资、转移社保关系、出具解除劳动合同证明等。
三、从法律后果来看
如果水务局未遵循法定程序和条件解除劳动合同，可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。
支付赔偿金：
- 如果水务局违法解除劳动合同，灌区负责人有权要求水务局支付赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。
恢复劳动关系：
- 在某些情况下，如果灌区负责人要求继续履行劳动合同，且劳动合同具有继续履行的可能性，劳动仲裁机构或法院可能判决恢复劳动关系。
四、建议
水务局方面：
- 在决定辞去灌区负责人职务前，应仔细审查劳动合同和相关规章制度，确保解除行为符合法定条件和程序。
- 与灌区负责人进行充分沟通，解释解除劳动合同的原因和依据，争取达成一致意见。
- 遵循法定程序办理离职手续，避免引发不必要的法律纠纷。
灌区负责人方面：
- 如果认为水务局的解除行为违法或不合理，可以及时向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
- 在离职过程中，注意保留相关证据和文件，以便在需要时提供证明。
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