结论前置：只按基本工资核算加班费通常是不合法的。用人单位应当按照劳动者的实际工资收入和法律规定的比例来计算并支付加班费。
法律规定与加班费计算基数
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能安排补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬。具体标准如下：
- 延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日工作的，若不能安排补休，则支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定休假日工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这里的“工资”并非仅指基本工资，而是包含了基本工资、岗位津贴、补贴等相对固定的、在正常工作时间内劳动者应得的收入部分。原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第55条也明确指出，“劳动者正常工作时间工资”是指劳动合同规定的劳动者本人所在工作岗位（职位）相对应的工资。
加班费的具体计算方式
加班费的具体计算方式基于劳动者的实际工资收入和加班时间，具体如下：
- 工作日加班：加班工资 = 月工资÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍。
- 休息日加班：加班工资 = 月工资÷21.75÷8×加班小时数×2倍。
- 法定休假日加班：加班工资 = 月工资÷21.75÷8×加班小时数×3倍。
其中，月工资指的是劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，应包含基本工资、岗位津贴等固定性收入，但不包括特殊情况下支付的工资，如年终奖、交通补贴、工作餐补贴等，也不包括绩效工资等与工作成果挂钩、具有浮动性的部分。
特殊情况说明
- 劳动合同有明确约定：如果劳动合同中明确约定了加班费计算基数为基本工资，且该约定不低于当地最低工资标准，那么按照基本工资计算加班费可能是合法的。但这种情况在实际操作中较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
- 企业错误做法的后果：如果企业仅按照基本工资计算加班费，将减少劳动者应得的加班报酬，损害劳动者的合法权益。劳动者有权要求用人单位按照法律规定足额支付加班费。若双方因此发生劳动争议，劳动仲裁机构或法院通常会认定企业的做法违法，并要求企业补足差额部分。
劳动者权益保护建议
- 保留证据：劳动者在维护自己权益时，应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以证明自己的加班事实和工资构成。
- 协商沟通：劳动者发现用人单位计算加班费方式不合法时，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。
- 法律途径：若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径（如提起劳动仲裁或诉讼）来寻求救济。
综上所述，只按基本工资核算加班费通常是不合法的。用人单位应当严格按照法律规定和劳动者的实际工资收入来计算并支付加班费，以保障劳动者的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。