若在中标候选人公示期间发现三个公司中有两个存在问题，首先应明确的是，这可能会影响到中标结果的有效性，具体处理方式需根据问题的性质和严重程度来决定。以下是从不同角度给出的详细分析：

1. 问题性质与严重程度：

   • 轻微问题：如果两个公司存在的问题相对轻微，比如某些文件格式不规范、信息填写不完整等，且这些瑕疵并不影响其投标资格或中标结果的公正性，那么可能不需要立即取消其中标资格。但应要求相关公司进行补正或说明，以确保后续合同的顺利执行。
   • 严重问题：如果两个公司存在的问题严重，如存在围标、串标、提供虚假材料等违法行为，或者其资质、业绩等不符合招标文件要求，那么应立即取消其中标资格，并依据相关法律法规进行处罚。

2. 处理流程：

   • 调查核实：在发现问题后，应首先进行调查核实，确认问题的真实性和严重程度。这可能需要查阅相关文件、询问相关人员或进行现场勘查等。
   • 报告与决策：将调查结果报告给招标人或相关监管部门，由其根据问题的性质和严重程度决定是否取消相关公司的中标资格。如果决定取消，应明确取消的理由和依据。
   • 重新招标或选择其他中标候选人：如果取消了两个公司的中标资格，且剩余的一个公司无法满足招标需求或招标人认为需要重新选择，那么应依法进行重新招标或选择其他符合条件的中标候选人。

3. 法律后果与风险防范：

   • 法律后果：如果两个公司的问题构成违法行为，如围标、串标等，那么相关公司和责任人可能会面临行政处罚甚至刑事处罚。同时，招标人也可能因选择不当的中标候选人而承担一定的法律责任。
   • 风险防范：为避免类似情况的发生，招标人应在招标过程中加强资格审查、评标监督等环节的工作，确保招标活动的公正、公平和透明。同时，也可以考虑引入第三方机构进行审计或监督，以提高招标活动的可信度和有效性。

4. 实际操作建议：

   • 及时沟通：在发现问题后，应及时与相关公司进行沟通，了解其情况并要求其进行说明或补正。这有助于快速解决问题并减少不必要的纠纷。
   • 保留证据：在处理过程中，应保留好相关证据和文件，如调查报告、沟通记录、处罚决定等。这些证据和文件在后续的法律程序中可能会起到关键作用。
   • 寻求专业支持：如果问题复杂或涉及法律纠纷，建议寻求专业律师或法律机构的支持。他们可以提供专业的法律意见和帮助，确保处理过程的合法性和有效性。

综上所述，若在中标候选人公示期间发现三个公司中有两个存在问题，应根据问题的性质和严重程度来决定处理方式。在处理过程中，应遵循相关法律法规和招标文件的规定，确保处理结果的公正、公平和合法。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。