当事业单位退休职工被批捕时，这是一个涉及法律、单位管理以及职工权益的复杂问题。以下是我为您提供的详细、有深度的处理建议：
一、立即响应与初步核实
及时通知与核实：
- 单位在接到职工被批捕的通知后，应立即启动应急响应机制，通知人事部门或相关负责人。
- 通过正规渠道（如司法机关、公安机关等）核实批捕信息的真实性，包括批捕的原因、涉及的罪名以及法律程序等。
保护现场与证据：
- 如果批捕事件与单位工作有关，单位应保护好相关现场和证据，以便后续调查和处理。
二、停职与待遇调整
停职调查：
- 在核实批捕信息后，单位应启动内部调查程序，全面了解事件情况，并暂停职工的职务。这是为了避免职工在调查期间继续行使职权可能带来的风险。
待遇调整：
- 根据《关于公务员被采取强制措施和受行政刑事处罚工资待遇处理有关问题的通知》等相关规定，被批捕的职工在被羁押期间，应停发工资待遇，改按本人原基本工资的75%计发生活费，且不计算工作年限。
- 如果职工在逃或无法联系，单位也应停发其工资待遇。
三、配合司法机关调查
提供协助：
- 单位应积极配合司法机关的调查工作，根据司法机关的要求提供必要的文件、资料和信息。
- 这包括但不限于职工的个人信息、工作记录、财务记录等。
尊重司法程序：
- 单位应遵循司法程序，不干预或影响案件的公正审理。这是维护法治原则和司法公正的重要体现。
四、依据司法判决结果进行处理
无罪处理：
- 如果职工最终被证明无罪，单位应补发停发的工资待遇，并恢复其原有职务或安排适当工作。
- 同时，单位应关注职工的心理状态和生活需求，提供必要的支持和帮助。
有罪处理：
- 如果职工被判决有罪，单位应根据判决结果和内部规章制度给予相应的纪律处分或行政处理。
- 例如，被宣告有罪但免予刑事处罚的，根据情节给予降低岗位等级或撤职以上处分；被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。
- 服刑期间，职工的工资待遇应停发，服刑期满后根据单位情况决定是否接收并安排工作。
五、社保与其他权益处理
养老保险：
- 如果职工被开除公职，其开除前的视同缴费年限不予计算，实际缴费年限予以承认。
- 重新就业后，职工可继续缴纳养老保险，缴费年限累计计算。
其他社保与权益：
- 医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等也会因工资停发而暂停缴纳。
- 如果职工未被定罪并恢复工作，可按规定补缴；如果被开除，则需重新就业或以灵活就业人员身份自行参保。
- 对于住房公积金等其他权益，单位也应根据处理决定和相关规定进行相应处理。
六、关注职工权益与加强预防教育
保障职工权益：
- 在处理过程中，单位应充分保障职工的合法权益，如申诉权、辩护权等。
- 同时，关注职工的心理状态和生活需求，提供必要的心理支持和物质帮助。
加强预防教育：
- 单位应加强法律教育和廉洁自律教育，提高职工的法制意识和职业道德水平。
- 完善内部管理制度，加强监督与防范，减少类似事件的发生。
七、寻求专业法律意见
- 由于此类问题涉及复杂的法律关系和程序，单位在处理过程中应咨询专业的法律顾问或律师，以确保处理过程的合法性和公正性。
综上所述，当事业单位退休职工被批捕时，单位应依法依规、妥善处理此事，既要维护单位的正常秩序和利益，也要充分保障职工的合法权益。同时，通过加强预防与教育等措施，不断提升职工的法律意识和职业道德水平，为单位的长期稳定发展奠定坚实基础。