劳动局会依法责令用人单位限期支付罚款金额及被克扣的工资，并可能对用人单位处以行政处罚；若用人单位拒不履行，劳动局可申请法院强制执行。具体处理方式如下：

1. 调查核实阶段
   劳动局接到员工投诉后，会启动调查程序，要求用人单位提供工资支付记录、考勤记录、规章制度等材料。若发现用人单位存在“以罚款为由克扣工资”的违法行为（如罚款无合法依据、未通过民主程序制定规章制度、罚款金额超过月工资20%等），将依法认定用人单位违法。

2. 责令整改与赔偿
   根据《劳动保障监察条例》第二十六条，劳动局会向用人单位发出《限期整改指令书》，要求其：

• 退还罚款金额：将非法克扣的工资全额返还员工；
  
• 补足工资差额：若罚款导致员工工资低于当地最低工资标准，需补足差额；
  
• 支付赔偿金：若用人单位逾期不支付，劳动局可责令其按应付金额50%以上100%以下的标准加付赔偿金。

1. 行政处罚措施
   若用人单位拒不整改或情节严重（如多次违法、涉及人数众多），劳动局可依据《劳动保障监察条例》第三十条，对其处以2000元以上2万元以下罚款。若违法行为涉嫌犯罪（如恶意拖欠工资），劳动局会将案件移送公安机关处理。

2. 申请法院强制执行
   若用人单位在整改期限内仍不履行义务，劳动局可向法院申请强制执行，直接从用人单位账户划扣款项支付给员工。

员工维权建议：

• 保留罚款通知、工资条、劳动合同等证据；
  
• 优先通过劳动局投诉（时效2年内），效率高于仲裁；
  
• 若对劳动局处理结果不满，可在收到决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
  

如有具体案件细节（如罚款理由、金额、用人单位态度等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况分析维权策略。