结论：入职不满半年离职扣3000元是否合法，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同或公司规章制度的角度
若劳动合同或公司规章制度中有明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工在入职不满半年离职时需要扣除一定金额（如3000元）作为违约金或赔偿金，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除这笔费用可能是合法的。但需要注意的是，根据《劳动合同法》的规定，用人单位只有在两种情况下可以约定由劳动者承担违约金：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期，劳动者违反服务期约定的；二是用人单位与劳动者约定竞业限制条款，劳动者违反竞业限制约定的。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果扣除的3000元并非基于上述两种情况，而是作为一般的离职违约金，那么这种扣除可能是不合法的。
若劳动合同或公司规章制度中无明确规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定员工在入职不满半年离职时需要扣除费用，那么公司扣除3000元就缺乏合法依据，属于违法行为。
二、从扣除费用的性质和合理性的角度
如果扣除的费用是实际损失：
- 如果公司能够证明因为员工的离职而遭受了实际损失，并且这些损失与员工的离职有直接因果关系，同时扣除的费用金额合理（即不超过实际损失的金额），那么这种扣除可能是合法的。但公司需要承担举证责任，证明损失的存在以及损失与员工离职的因果关系。
如果扣除的费用并非实际损失或金额不合理：
- 如果公司扣除的费用并非基于实际损失，或者扣除的金额明显超过了实际损失的金额，那么这种扣除就可能是不合法的。员工有权要求公司返还被扣除的费用，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
三、从法律程序和维权途径的角度
- 如果员工认为公司扣除的费用不合法，可以先与公司进行协商，要求公司返还被扣除的费用。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁申请，要求公司返还被扣除的费用并可能获得相应的赔偿。
建议：
- 对于员工来说，在入职时应仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解其中关于离职和扣除费用的相关规定。如果发现公司存在不合理的扣除费用行为，应及时与公司沟通并寻求法律援助。
- 对于公司来说，应制定合法合理的规章制度，并在劳动合同中明确约定相关条款。在扣除员工费用时，应确保有合法依据且金额合理，避免因此引发劳动争议和法律风险。
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