结论：不满三个月离职扣50%的工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若存在特定合法扣除情形则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、一般情况下不合法
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。在劳动者正常提供劳动的情况下，用人单位扣除50%的工资显然违反了这一基本原则。
具体来说，如果劳动者在不满三个月的时间内正常出勤、提供了劳动，且没有违反用人单位的规章制度或造成用人单位损失，那么用人单位扣除50%的工资就是不合法的。劳动者有权要求用人单位支付全额工资，并可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益。
二、特定情况下可能合法
虽然一般情况下用人单位不得随意扣除劳动者工资，但在某些特定情况下，扣除工资可能是合法的。这些特定情况通常包括：
劳动者违反规章制度：如果劳动者违反了用人单位的规章制度，且该规章制度是合法有效的，用人单位可以根据规章制度的规定扣除劳动者的工资。但扣除的工资数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。然而，扣除50%的工资通常会被认为是不合理的，除非规章制度中有明确且合理的规定。
劳动者造成用人单位损失：如果劳动者因故意或重大过失给用人单位造成了损失，用人单位可以根据实际情况扣除劳动者的工资作为赔偿。但扣除的工资数额同样应当合理，且不得超过劳动者当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。在这种情况下，扣除50%的工资很可能超过法定限额，因此是不合法的。
双方约定合法扣除情形：如果劳动者和用人单位在劳动合同中明确约定了某些合法扣除工资的情形（如培训费用、竞业限制补偿等），且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以根据约定扣除劳动者的工资。但即便如此，扣除的工资数额也应当合理，且不得违反相关法律法规的规定。
三、建议与行动
核实扣除原因：如果劳动者遇到不满三个月离职被扣除50%工资的情况，首先应当核实扣除的具体原因。如果用人单位无法提供合法合理的扣除依据，那么劳动者有权要求用人单位支付全额工资。
与用人单位协商：在核实扣除原因后，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，寻求妥善解决。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
保留证据：在整个过程中，劳动者应当保留好相关证据（如劳动合同、工资条、扣除通知等），以便在需要时证明自己的权益。
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