在黄灯亮时发生交通事故，且对方摩托车存在超员行驶的情况，责任的判定是一个综合考量多方面因素的过程。以下是对此问题的详细分析：
一、黄灯亮时的基本交通规则
根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第三十八条，黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行；未越过停止线的车辆应当减速停止行进。这意味着，如果摩托车在黄灯亮起时未越过停止线却继续行驶，这种行为属于违反交通信号灯指示通行的规则，存在过错。
二、摩托车超员行驶的影响
摩托车超员行驶是严重的交通违法行为，它增加了车辆的行驶不稳定性和制动距离，从而提高了发生交通事故的风险。在事故责任判定中，超员行驶通常会被视为加重摩托车方责任的因素。
三、责任判定的具体原则
摩托车闯黄灯且超员的情况：
- 如果摩托车在黄灯亮起时未越过停止线却强行通过，并且存在超员行驶的情况，那么摩托车驾驶员通常需要承担事故的主要责任甚至全部责任。因为闯黄灯和超员行驶都是违法行为，且都直接导致了事故的发生。
对方车辆存在过错的情况：
- 如果对方车辆也存在过错，如闯红灯、违规转弯、超速行驶等，那么双方的责任比例将根据各自过错的程度进行划分。在这种情况下，摩托车驾驶员虽然因闯黄灯和超员行驶存在过错，但对方车辆的过错也可能对事故的发生起到了重要作用，因此摩托车驾驶员的责任可能会相应减轻。
四、责任认定的考量因素
行驶轨迹与速度：
- 交警会综合双方车辆的行驶轨迹、速度等因素来判断各自的责任大小。例如，如果摩托车在闯黄灯时速度过快，或者对方车辆存在违规变道等行为，这些都将影响责任的比例划分。
交通信号遵守情况：
- 是否严格遵守交通信号指示是判断责任的重要依据之一。摩托车闯黄灯和超员行驶都是违反交通信号的行为，将加重其责任。
其他交通违法行为：
- 除了闯黄灯和超员行驶外，如果摩托车驾驶员还存在其他交通违法行为，如酒驾、无证驾驶等，这些行为也将进一步加重其责任。
五、责任认定的程序与法律依据
报警与现场处置：
- 发生交通事故后，当事人应立即报警并等待交警到达现场进行处置和调查。这是确保事故得到公正处理的重要步骤。
责任认定书：
- 交警会根据现场勘验、当事人陈述、证人证言等多方面证据出具交通事故责任认定书。该认定书是后续处理事故赔偿等问题的重要依据，具有法律效力。
法律依据：
- 责任判定主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及地方相关的交通管理规定。
六、建议
- 在驾驶过程中，务必严格遵守交通规则，不闯黄灯、不超员行驶，确保行车安全。
- 如果发生交通事故，应立即报警并保护好现场，等待交警的到来进行处置和调查。
- 对于责任认定结果有异议的，可以在规定时间内申请复核，以维护自己的合法权益。
综上所述，黄灯亮时发生交通事故且对方摩托车超员行驶的情况下，责任的判定是一个综合考量多方面因素的过程。当事人在事故发生后应积极配合交警的调查工作，并等待交警部门出具的责任认定书来确定各自的责任。