关于农村建房邻居多占院基的问题，首先明确结论：邻居多占院基属于侵权行为，您有权要求其停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。具体赔偿标准需根据实际损失情况来确定，同时，解决此类纠纷还需遵循一定的法律程序。

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》：

   • 第二百八十八条：不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
   • 第二百九十五条：不动产权利人挖掘土地、建造建筑物、铺设管线以及安装设备等，不得危及相邻不动产的安全。
   • 第二百三十六条：妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。
   • 第二百三十八条：侵害物权，造成权利人损害的，权利人可以依法请求损害赔偿，也可以依法请求承担其他民事责任。

2. 《中华人民共和国土地管理法》：

   • 第十四条：土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

二、赔偿标准与计算

赔偿标准主要依据实际损失来确定，包括但不限于：

1. 土地价值损失：如果多占的土地具有经济价值（如可用于建设、耕种等），可以按照当地土地的市场价格或者评估价值来计算损失。

2. 建设成本增加：如果因为邻居多占土地导致您需要额外支出建设成本（如重新规划、调整设计、增加材料等），这些额外支出也可以作为赔偿的一部分。

3. 其他间接损失：如因纠纷导致的误工费、交通费等合理支出，也可以酌情要求赔偿。

计算公式示例（以土地价值损失为例）：

• 土地价值损失 = 多占土地面积 × 当地土地市场价格/亩（或平方米）

三、解决纠纷的程序

1. 协商：首先尝试与邻居进行友好协商，寻求和解方案。

2. 调解：如果协商无果，可以寻求村委会、乡镇政府或相关调解组织的帮助，进行调解。

3. 行政处理：根据《土地管理法》的规定，向乡级人民政府或者县级以上人民政府提出处理申请。

4. 诉讼：如果对行政处理决定不服，或者行政处理未能解决问题，可以向人民法院提起诉讼，要求邻居停止侵害、恢复原状并赔偿损失。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：在处理此类纠纷时，务必保留好相关证据，如土地权属证明、现场照片、视频、协商记录等。

2. 理性维权：在维权过程中，保持冷静和理性，避免采取过激行为导致纠纷升级。

3. 寻求专业帮助：如果纠纷复杂或难以解决，建议咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您在处理此类纠纷过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。