结论前置：自建房写儿子名字而不写女儿名字，从法律层面讲是合法的，但可能涉及家庭内部的公平和情感问题，以及未来可能出现的继承纠纷。以下从法律角度进行详细分析：

1. 产权归属的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，房屋作为不动产，其产权归属以登记为准。因此，如果您在自建房时选择将产权登记在儿子名下，而不登记在女儿名下，这一行为在法律上是有效的，产权将归属于儿子。
   • 这种选择并不违反法律的强制性规定，因为法律并未规定父母在分配财产时必须平等对待所有子女。父母有权根据自己的意愿和实际情况，决定将财产赠与哪个子女或如何分配。

2. 家庭内部的公平和情感问题：

   • 尽管法律允许父母在分配财产时有所偏重，但这种做法可能引发家庭内部的矛盾和不满。女儿可能会感到不公平，进而影响家庭关系。
   • 因此，在做出这样的决定前，建议您与家庭成员进行充分沟通，解释您的决定背后的原因和考虑，以尽量减少误解和冲突。

3. 未来可能出现的继承纠纷：

   • 如果您在自建房时未将女儿列为共有人，且未留下明确的遗嘱或赠与协议，那么在未来您去世后，该房屋将作为您的遗产进行继承。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的继承规定，如果您的配偶、父母（如果仍在世）以及子女都是第一顺序继承人，他们将有权继承您的遗产。在这种情况下，女儿作为子女之一，将有权继承部分遗产，但具体份额将取决于其他继承人的情况和法律规定。
   • 然而，如果房屋已经完全登记在儿子名下，且您未留下遗嘱或赠与协议表明该房屋应作为遗产分配，那么女儿可能无法直接继承该房屋。这可能导致女儿在继承问题上感到不满和纠纷。

建议：

• 在做出将自建房产权登记在儿子名下的决定前，请充分考虑家庭内部的公平和情感问题，以及未来可能出现的继承纠纷。
• 如果您希望确保女儿在未来也能享有该房屋的权益，可以考虑与女儿签订赠与协议或留下遗嘱，明确该房屋的分配方式。
• 如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。