合同双方仅盖章，在符合其他生效要件且没有特殊规定或特别约定的情况下，一般是合法有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、盖章的法律意义
在合同签署过程中，盖章是一种常见且重要的形式。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，盖章与签名、按指印具有同等的法律效力，都是确认合同成立和生效的重要方式。
二、仅盖章时的合同效力认定
一般情况下的有效性：
- 当合同上仅有盖章而无签字时，若该印章为真实有效的公司公章或合同专用章，且能清晰表明缔约主体身份，则合同通常具备法律效力。例如，企业间订立的采购合同中，双方加盖公章即视为对合同条款的正式确认。
需满足的法定条件：
- 盖章行为必须基于双方真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形；
- 合同内容不得违反法律法规强制性规定，亦不违背公序良俗；
- 若法律规定特定合同需办理批准、登记手续，则完成相应程序后方产生完全效力。
特殊情形的效力瑕疵：
- 使用伪造、变造印章签订的合同无效；
- 未获得授权擅自使用单位印章签订的合同，可能因无权代理导致效力待定；
- 仅加盖部门章或项目章等非法定印章的合同，其效力需结合缔约权限及相对方善意程度综合判定。
三、影响合同效力的其他因素
合同内容的合法性：
- 合同条款不得包含违法违规内容，如涉及非法交易、侵犯他人权益等情形将导致合同无效。
当事人的民事行为能力：
- 缔约双方必须具备相应的民事行为能力，未成年人、精神病人等特殊群体签订的合同需符合法定代理要求。
意思表示的真实性：
- 合同签订过程中不得存在重大误解、显失公平或虚假意思表示等情形，否则可能影响合同效力。
四、操作建议
- 仔细审查合同条款：确保内容真实、合法、有效，避免违法违规条款。
- 确认合同双方的身份和资质：特别是对方为自然人时，应要求其提供身份证明，确保缔约主体适格。
- 在可能的情况下，既要求盖章也要求签名：以增加合同的严肃性和可执行性，减少因形式瑕疵引发的纠纷。
- 对于重要合同，建议进行法律审查：确保合同满足所有生效条件，避免潜在的法律风险。
综上所述，合同双方仅盖章在符合其他生效要件且没有特殊规定或特别约定的情况下，一般是合法有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，建议在签订合同时尽量按照法律规定的程序来履行，并注意上述特殊情况及建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。