在挂靠公司没有签订挂靠协议的情况下，要证明挂靠关系确实需要综合多方面的证据。以下是一些建议，希望能帮助您有效地证明挂靠关系的存在：
一、收集合同协议类证据（尽管没有正式挂靠协议）
内部承包合同或类似文件：
- 即便没有正式的挂靠协议，双方可能曾签订过内部承包合同或具有类似性质的协议。这些文件中可能包含了挂靠关系的核心要素，如自主经营、自负盈亏、缴纳管理费等条款。
口头协议的记录：
- 如果双方曾有过口头协议，尽量寻找能够证明这一口头协议存在的证据，如录音、录像或第三方证人的证言。
二、整理财务往来类证据
资金流转记录：
- 收集所有与被挂靠公司之间的资金流转记录，包括银行转账凭证、收据等。这些记录应能显示您向被挂靠公司支付管理费或被挂靠公司向您转账工程款等关键信息。
发票开具情况：
- 保留被挂靠公司为您开具的发票，以及您在经营活动中取得的以被挂靠公司名义开具或接收的发票。这些发票是证明双方经济往来的重要证据。
三、搜集人员关系类证据
社保缴纳记录：
- 如果您或您的人员在被挂靠公司缴纳社保，但实际工作并不受被挂靠公司的管理和指挥，这可以作为证明挂靠关系的间接证据。
人员任命文件、工作证件：
- 寻找任何以被挂靠公司名义任命您或您的人员为项目经理、负责人等职务的文件，以及您或您的人员持有的被挂靠公司的工作证件。这些文件应能显示您或您的人员在被挂靠公司中的名义地位与实际地位的不符。
四、整理经营活动类证据
业务合同：
- 收集以被挂靠公司名义对外签订的业务合同，特别是那些实际履行主体是您的合同。这些合同应能显示您在被挂靠公司名义下开展业务的事实。
项目资料：
- 保留所有与挂靠项目相关的资料，如施工方案、施工进度报告、质量验收资料等。这些资料上的签字、盖章等信息往往能反映出实际的经营主体情况。
五、其他辅助证据
沟通记录：
- 保留与被挂靠公司之间的所有沟通记录，包括邮件、短信、微信聊天记录等。这些记录中可能包含有关挂靠关系的重要信息，如双方对挂靠事宜的讨论、确认等。
证人证言：
- 寻找了解挂靠实际情况的员工、合作伙伴等作为证人，并尽可能获取他们的书面证言或出庭作证。
六、申请调查取证
- 在必要时，您可以向法院申请调查令，调取相关证据。例如，申请法院到银行查询资金流向、到税务机关查询纳税情况等。这些官方渠道获取的证据往往具有更高的证明力。
综上所述，证明挂靠关系需要综合多方面的证据。在没有签订挂靠协议的情况下，您应尽可能收集上述各类证据，并形成一个完整的证据链来支持您的主张。希望这些建议能对您有所帮助。