在签订建高速公路农户房屋拆迁补偿协议时，协议文本通常需要保留给以下部门或主体各一份，以确保协议的合法性和执行效力：

1. 拆迁方（政府部门或其授权单位）
   作为协议的甲方，拆迁方（如地方交通运输局、高速公路建设指挥部等）必须保留一份协议原件，用于内部审批、资金拨付、拆迁进度管理以及后续可能出现的争议解决。这是其履行行政职责和法律义务的直接依据。

2. 被拆迁农户（房屋所有权人）
   农户作为协议的乙方，必须保留一份协议原件。这是其主张补偿权益、监督拆迁方履行义务的核心凭证。若农户未保留协议，可能在后续维权中面临举证困难。

3. 当地自然资源与规划部门（或原国土资源部门）
   根据《土地管理法》及相关法规，拆迁涉及土地征收的，需由自然资源部门对补偿方案进行合法性审查并备案。协议副本通常需提交至该部门，作为土地征收审批、补偿资金监管的依据。

4. 房屋征收与补偿办公室（或指定执行机构）
   若地方政府设立专门机构负责拆迁补偿工作（如征收办），该机构需保留协议副本以协调各方、监督补偿款发放，并作为后续审计或检查的备查文件。

5. 财务部门（地方政府或拆迁方财务）
   协议中约定的补偿金额、支付方式等条款是财务拨款的直接依据。财务部门需留存协议副本以确保资金使用合规，避免超支或挪用。

特殊情形说明：

• 若拆迁涉及集体土地，协议可能还需提交至农村集体经济组织（如村委会）备案，以保障集体成员知情权。
  
• 若农户委托他人代签协议，需额外保留授权委托书原件，避免权属争议。
  
• 协议一式多份时，各主体应在协议中明确标注“原件”或“副本”，并加盖骑缝章以防止篡改。

建议：
农户在签订协议时，应主动要求拆迁方提供加盖公章的协议原件，并核对各留存部门的名称是否与协议主体一致。若发现协议未按规定留存或部门拒收，可依法向上一级政府申请信息公开或提起行政诉讼，维护自身权益。