工程结算后对方仍然申请鉴定，可分以下几种情况处理：

1. 若鉴定申请符合法定条件
   根据《民事诉讼法》及司法解释，对方有权在举证期限届满前申请鉴定，但需满足以下条件：

   • 鉴定事项与待证事实存在关联性（如工程质量、工程量争议）；
     
   • 鉴定材料经质证且符合要求；
     
   • 鉴定机构具备相应资质。
     处理建议：若对方申请符合条件，法院可能准许鉴定。此时需积极配合鉴定程序，同时审查鉴定材料是否完整、鉴定方法是否科学，避免因程序瑕疵影响结果。若对鉴定机构选择有异议，可依法申请回避或重新委托。

2. 若鉴定申请违反法定程序或存在恶意

   • 超期申请：若对方在举证期限届满后提出鉴定申请，且无正当理由，可依据《民事证据规定》第31条提出异议，要求法院驳回；
     
   • 重复鉴定：若已存在合法有效的鉴定结论，对方无正当理由申请重新鉴定，可主张“一事不再理”原则，拒绝重复鉴定；
     
   • 恶意拖延：若对方以鉴定为手段拖延诉讼，可向法院申请加快程序或直接要求以现有证据判决。
     处理建议：及时向法院提交书面异议，明确指出对方申请的违法性，并附相关法律依据（如《民事证据规定》第27-31条），迫使法院驳回不当申请。

3. 若鉴定结果可能推翻原结算协议

   • 结算协议效力：若双方已签署书面结算协议且无欺诈、胁迫等情形，该协议具有法律约束力，对方单方申请鉴定通常无法推翻；
     
   • 例外情形：若对方能证明结算协议存在重大误解（如工程量计算错误）或显失公平（如价格远低于市场价），法院可能准许鉴定并调整结算金额。
     处理建议：重点审查结算协议的签署过程、内容合法性及对方举证情况。若协议无瑕疵，可主张“契约严守”原则，要求法院维持原结算；若存在瑕疵，需提前准备反证（如市场价调查报告）以应对鉴定结果。

关键行动建议：

• 立即响应：收到鉴定申请后，务必在法定期限内（通常为15日）向法院提交书面异议；
  
• 证据固定：整理结算协议、往来函件、验收记录等证据，证明结算的合法性与合理性；
  
• 专业协助：若涉及复杂技术问题（如工程造价核算），可委托第三方机构出具专家意见，增强抗辩力度。
  

如有进一步细节（如鉴定类型、结算协议内容），可向我补充说明，我会结合具体案情提供更精准的应对方案。