核心结论：招标公司员工中有甲方子女的情况是否合规，需结合具体情形判断，主要从“利益冲突回避”“程序合法性”“信息披露义务”三个维度分析。以下分情况说明：

1. 若甲方子女未参与具体招标项目，通常不直接违规

根据《招标投标法》及实施条例，法律并未禁止招标公司员工与甲方存在亲属关系，但需满足“利益冲突回避”原则。若该员工不直接参与该甲方的招标项目（如不担任评委、不接触标书审核等），且公司内部有明确的利益冲突管理制度（如岗位回避、信息隔离等），则不构成违法。
建议：公司应制定《利益冲突管理制度》，明确亲属关系员工的岗位限制，并留存书面记录（如员工申报表、岗位调整通知等），避免后续争议。

2. 若甲方子女参与具体招标项目，可能涉嫌违规

若该员工直接参与该甲方的招标项目（如作为招标代理、评委、标书编制人员等），则可能违反以下规定：

• 《招标投标法实施条例》第34条：与投标人有利害关系的人不得进入相关项目的评标委员会，否则评标无效；
  
• 《政府采购法》第12条：采购人员与供应商有利害关系的必须回避；
  
• 《刑法》第164条（对非国家工作人员行贿罪）：若亲属关系被利用进行利益输送（如透露标底、操纵评标），可能涉及刑事犯罪。
  关键点：需证明该员工的行为是否实际影响了招标公平性（如评标结果是否因亲属关系产生偏差）。若仅是“存在亲属关系”但未实际干预，通常不直接认定违法，但可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）。

3. 招标公司需履行“信息披露义务”

即使亲属关系不直接导致违规，招标公司仍需主动披露相关信息，以保障透明度。例如：

• 在招标文件中明确“利益冲突申报”条款，要求员工申报亲属关系；
  
• 在评标阶段公示评委名单及关联关系（如涉及甲方子女）；
  
• 保留书面披露记录，避免被质疑“暗箱操作”。
  风险：若未披露且后续被举报，可能面临行政监督部门（如发改委、财政部门）的调查，甚至被认定“程序违法”，导致中标结果无效。

4. 特殊情形：甲方为国有企业或政府机关

若甲方是国有企业或政府机关，其子女的就业可能受《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》《公务员法》等限制。例如：

• 国有企业领导人员的子女不得在其管辖范围内从事可能影响公正执行公务的业务；
  
• 公务员的子女不得在其任职单位所属企业担任领导职务。
  建议：若甲方属于此类主体，需额外核查其内部廉洁规定，避免员工亲属关系违反特定行业纪律。

总结建议：

1. 立即核查该员工是否实际参与甲方招标项目，若参与需立即调整岗位或回避；
   
2. 完善公司利益冲突管理制度，要求员工申报亲属关系并留存记录；
   
3. 在招标文件中增加利益冲突披露条款，主动接受监督；
   
4. 若涉及国有企业或政府机关，同步核查其内部廉洁规定。
   

如有具体案例细节（如员工岗位、招标项目性质等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的分析。