结论：企业未办理环评且未做环保治理设施，发现时已超出两年的情况下，仍可能面临处罚，主要依据的法律法规包括《中华人民共和国环境影响评价法》和《中华人民共和国环境保护法》等相关规定。

详细分析：

1. 《中华人民共和国环境影响评价法》的相关规定：

   • 根据该法第三十一条，建设单位未依法报批建设项目环境影响报告书、报告表，或者未依照本法第二十四条的规定重新报批或者报请重新审核环境影响报告书、报告表，擅自开工建设的，由县级以上环境保护行政主管部门责令停止建设，根据违法情节和危害后果，处建设项目总投资额百分之一以上百分之五以下的罚款，并可以责令恢复原状；对建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
   • 关键点：即使企业未办理环评的行为已经持续超过两年，但只要该行为一直存在且未得到纠正，环保部门仍有权依据此法进行处罚。此外，该法并未规定超过一定时间后就不再处罚，因此时间因素并不构成免责理由。

2. 《中华人民共和国环境保护法》的相关规定：

   • 根据该法第六十八条，地方各级人民政府、县级以上人民政府环境保护主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。虽然这一条款主要针对的是政府及环保部门工作人员，但它体现了对环境保护违法行为的严厉态度。
   • 同时，该法第六十三条也规定了，企业事业单位和其他生产经营者有特定违法行为（包括未依法进行环境影响评价，被责令停止建设，拒不执行的），尚不构成犯罪的，除依照有关法律法规规定予以处罚外，由县级以上人民政府环境保护主管部门或者其他有关部门将案件移送公安机关，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处十日以上十五日以下拘留；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留。
   • 关键点：对于未办理环评且拒不执行停止建设命令的企业，环保部门有权将案件移送公安机关，对相关责任人员进行行政拘留。这一规定同样不受时间限制。

3. 关于“两年”的时效问题：

   • 在环境保护领域，对于违法行为的处罚，通常并不受“两年”时效的限制。这是因为环境保护违法行为往往具有持续性和累积性，其危害后果可能长时间存在甚至逐渐加重。因此，即使违法行为已经发生超过两年，只要其危害后果仍然存在或者未得到完全纠正，环保部门就有权依法进行处罚。

法律建议：

• 对于企业而言，应严格遵守环境保护法律法规，及时办理环评手续并建设相应的环保治理设施。如果因历史原因或疏忽大意而未能及时办理环评或建设环保设施，应尽快采取补救措施，如补办环评手续、建设环保设施等，以减轻或避免可能的法律责任。
• 如果企业已经面临环保部门的处罚决定，应认真对待并积极配合调查和处理工作。如有异议或不服处罚决定，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果企业未办理环评且未做环保治理设施的行为被环保部门发现并查处，将可能面临罚款、责令停止建设、恢复原状等行政处罚措施。
• 在严重情况下，如果企业的违法行为构成犯罪（如污染环境罪等），还将可能面临刑事责任的追究。

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