结论：公司如果有案件在身，原则上仍然可以进行合并清算，但需根据案件性质、进展及清算方案的具体安排，确保清算程序合法合规，并妥善处理相关案件。

分析说明：

1. 清算与案件的关系：

   • 清算程序本身并不因公司存在未决案件而自动中止或禁止。清算的目的是为了了结公司事务，分配剩余财产，而案件的存在可能涉及公司的债权债务关系，需要在清算过程中予以考虑和处理。
   • 如果案件涉及公司的重大资产或负债，清算组应当特别关注案件的进展，确保清算方案能够充分反映案件的可能结果，避免因案件处理不当而损害债权人或股东的利益。

2. 清算过程中的案件处理：

   • 未决诉讼或仲裁：在清算过程中，如果公司存在未决的诉讼或仲裁案件，清算组应当及时通知相关法院或仲裁机构，并按照法律程序参与诉讼或仲裁。清算组可以根据案件的性质和进展，决定是否继续诉讼或仲裁，或者寻求和解、调解等方式解决争议。
   • 已决但未执行的案件：对于已经判决但尚未执行的案件，清算组应当根据判决结果，将相关债务纳入清算范围，并按照清算方案进行分配。如果判决涉及公司的特定资产，清算组应当确保该资产在清算过程中得到妥善处理。

3. 清算方案的制定与审批：

   • 清算组在制定清算方案时，应当充分考虑公司存在的案件情况，包括案件的性质、金额、可能的结果等。清算方案应当明确说明案件对清算的影响，以及清算组拟采取的处理措施。
   • 清算方案需要提交给股东会、股东大会或人民法院进行审议和批准。在审议过程中，股东或债权人可能会就案件处理提出异议或建议，清算组应当认真听取并合理采纳。

4. 法律后果与风险防范：

   • 如果清算组在清算过程中未妥善处理案件，可能导致清算程序违法或损害债权人、股东的利益。例如，未将案件涉及的债务纳入清算范围，或者未按照判决结果执行债务分配，都可能引发法律纠纷和赔偿责任。
   • 为了防范法律风险，清算组应当聘请专业律师提供法律咨询和协助，确保清算程序的合法性和合规性。同时，清算组还应当与相关法院、仲裁机构保持密切沟通，及时了解案件进展和判决结果，以便调整清算方案。

行动建议：

• 如果公司计划进行合并清算且存在未决案件，建议立即组建专业的清算组，并聘请经验丰富的律师提供法律支持。
• 清算组应当全面梳理公司存在的案件情况，制定详细的清算方案，并充分考虑案件对清算的影响和处理措施。
• 在清算过程中，清算组应当保持与相关法院、仲裁机构的密切沟通，及时了解案件进展和判决结果，确保清算程序的顺利进行。

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