公司内部制度规定员工违反制度罚款的合规性需分情况讨论，核心结论如下：

1. 法律层面：公司无权直接对员工罚款
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位并非行政执法机关，不具备罚款的法定权限。若公司以“罚款”名义扣减工资，可能涉嫌违法克扣工资，员工有权要求补发并主张赔偿。
   例外情形：若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣减部分不得超过当月工资的20%，且扣减后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 制度设计层面：合规替代方案
   公司可通过以下方式实现管理目的，同时避免法律风险：

   • 绩效扣分：将违规行为与绩效考核挂钩，通过降低绩效分数影响奖金或晋升，而非直接扣减工资。
     
   • 违约金条款：在劳动合同中明确约定特定违规行为（如泄露商业秘密、竞业限制违约）需支付违约金，但需符合《劳动合同法》第22-23条的限制（如仅限服务期、竞业限制等情形）。
     
   • 纪律处分：依据《劳动合同法》第39条，对严重违规员工解除劳动合同，但需确保制度经过民主程序公示且证据充分。

3. 程序合规性要求
   即使公司采用合法替代方案，仍需满足以下程序条件：

   • 民主程序：制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定。
     
   • 公示告知：制度需通过培训、签字、邮件等方式向员工公示，确保员工知悉内容。
     
   • 内容合理：违规情形与处罚措施需具有关联性，处罚力度需与违规程度匹配（如迟到扣款需符合当地工资支付条例的限额）。

建议行动：
若公司希望规范员工行为，建议修订制度时：

1. 删除“罚款”表述，改用“绩效扣分”“违约金”等合规方式；
   
2. 明确违规情形、处理流程及申诉渠道；
   
3. 留存制度民主程序及公示的书面证据。
   

如有具体制度条款需审核，可进一步提供内容，我将协助分析合规性。