在合同总价明确不含税金，而清单上注明含税的情况下，法律上一般以合同总价的约定为准，但具体还需结合合同条款、交易习惯及双方真实意思表示等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同条款的优先性：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。合同中的条款，尤其是关于价格、税金等核心条款，是双方协商一致的结果，应当优先遵循。
   • 如果合同总价明确约定为不含税金，而清单上虽然注明含税，但清单通常被视为合同的附件或补充说明，其效力一般低于主合同条款。因此，在合同主条款与附件存在冲突时，应以主合同条款为准。

2. 交易习惯与双方真实意思表示：

   • 除了合同条款外，交易习惯和双方的真实意思表示也是判断合同内容的重要依据。如果双方在交易过程中一直遵循某种习惯，或者能够证明清单上的含税标注是双方共同认可的真实意思表示，那么清单上的标注也可能具有法律效力。
   • 然而，要证明交易习惯或双方真实意思表示的存在，需要提供充分的证据，如过往交易记录、沟通记录等。

3. 可能的法律后果与建议：

   • 如果仅依据合同总价不含税金的约定执行，买方可能需要额外支付税金给卖方，或者卖方需要自行承担税金，这取决于双方的具体约定和税法规定。
   • 为避免纠纷，建议在合同中明确约定税金的承担方和支付方式。如果清单上的含税标注与合同总价约定存在冲突，应及时与对方沟通协商，明确双方的真实意思表示，并考虑签订补充协议以修正合同条款。

举例说明： 假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同总价明确约定为100万元，不含税金。随后，乙方提供了一份清单，清单上注明货物总价为100万元（含税）。在这种情况下，如果双方没有其他特别约定或交易习惯，法律上一般应以合同总价的约定为准，即合同总价为不含税金的100万元。如果乙方要求甲方支付税金，甲方可以依据合同总价的约定拒绝支付，除非双方能够达成补充协议或乙方能够提供充分证据证明清单上的含税标注是双方共同认可的真实意思表示。

总结与建议： 在处理类似合同纠纷时，应首先审查合同条款，尤其是关于价格、税金等核心条款的约定。如果合同条款存在冲突或不明确之处，应结合交易习惯和双方真实意思表示进行综合判断。为避免纠纷和降低风险，建议在签订合同时明确约定各项条款，并在合同履行过程中保持沟通协商，及时解决可能出现的问题。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。