工程款违约金按日多少合法并没有一个固定的标准，而是取决于合同双方的约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同有约定的情况
明确约定：
- 如果工程合同中明确约定了违约金按日计算的具体金额或计算方法，那么在发生违约时，应严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定“每日按照未支付工程款的万分之五支付违约金”。
- 这种约定可以是固定金额的日违约金，如每天5000元；也可以是以工程总价款、已付款项等为基数按比例计算的日违约金。
法律支持：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，一旦签订即具有法律效力。因此，当合同中明确规定了违约金的计算方式时，该规定应得到遵守。
二、合同无约定或约定不明的情况
实际损失赔偿：
- 若合同未约定违约金或约定不明确，守约方可以要求违约方赔偿因其违约行为所造成的实际损失。实际损失包括直接损失（如额外租赁设备费用、人工成本增加）和间接损失（如预期收益损失）。
- 在这种情况下，违约金的计算将基于实际损失的大小，而不是一个固定的日违约金率。
法院或仲裁机构裁定：
- 在合同无明确约定或存在争议的情况下，法院或仲裁机构将综合考虑合同的性质、履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，来确定一个合理的违约金数额。
- 如果约定的违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当调整，以确保违约金的合理性。
三、法律对违约金数额的限制
- 根据《民法典》第五百八十五条的规定，当事人可以约定违约金，但约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或仲裁机构可以根据请求予以增加；过分高于造成的损失的，可以予以适当减少。
- 通常来说，违约金数额以不超过合同未履行部分的价金总额为限，且按照实际损失的百分之三十以下计算，以确保违约金的惩罚性与补偿性相平衡。
四、具体建议
在签订合同时：
- 双方应明确违约金的计算方法和标准，包括是否按日计算、具体的日违约金率或计算方法等。
- 这样可以避免后续因违约金计算方式不明确而引发的纠纷。
在发生违约时：
- 双方应首先查看合同中的约定，并按照约定执行。
- 如果合同无约定或约定不明，双方应协商解决；协商不成的，可以寻求法院或仲裁机构的帮助来确定违约金数额。
举例说明：假设一份工程合同中约定“若发包方未按约定支付工程款，应每日按照未支付金额的万分之三支付违约金”。如果发包方拖欠了100万元的工程款，且拖欠时间为30天，那么违约金计算如下：
\(违约金 = 100万 \times 0.0003 \times 30 = 9000元\)
因此，在这个例子中，发包方应支付9000元的违约金。
总之，工程款违约金按日多少合法并没有一个固定的答案，而是需要根据合同的具体约定、实际损失以及法律规定来综合确定。如果你在工程款纠纷中遇到违约金计算的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。