在夫妻关系存续期间，双方确实可以就子女抚养费问题进行协议，并且这一行为是有明确的法律依据的。以下是对此问题的详细解释：

一、主要法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第一千零五十八条

这一条款明确规定了夫妻双方平等享有对未成年子女抚养、教育和保护的权利，同时也共同承担对未成年子女抚养、教育和保护的义务。这意味着，无论婚姻关系是否存续，父母对子女的抚养义务都是共同的，不可推卸的。

1. 最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）第四十三条

这一司法解释特别针对婚姻关系存续期间的情况进行了规定。它指出，如果父母双方或者一方拒不履行抚养子女的义务，那么未成年子女或者不能独立生活的成年子女有权请求支付抚养费，并且人民法院应当予以支持。这一条款为在婚姻关系存续期间主张抚养费提供了直接的法律依据。

二、具体情形分析

在夫妻关系存续期间，虽然双方通常共同承担抚养子女的责任，但在某些特殊情况下，一方可能需要向另一方或直接向子女支付抚养费。这些特殊情况包括但不限于：

1. 夫妻分居期间

如果夫妻因感情不和或其他原因而分居，并且子女随其中一方生活，而另一方未履行抚养义务，那么直接抚养子女的一方有权要求另一方支付抚养费。这是为了保障子女在分居期间的生活和教育需求不受影响。

1. 一方经济能力不足以维持子女实际生活需要

如果一方虽有收入，但其收入不足以维持子女的实际生活需要（如教育、医疗等费用），而另一方有能力支付时，可以请求对方支付抚养费。这是为了确保子女能够享受到与其生活水平相适应的成长环境。

1. 其他特殊情况

如一方患有重病、残疾等导致无法工作，或者一方有不良嗜好、挥霍财产等行为，严重影响子女正常生活时，另一方也可以请求支付抚养费。这些情况都是基于保护子女权益的考虑而设定的。

三、协议的重要性

虽然法律为在婚姻关系存续期间主张抚养费提供了依据，但为了避免纠纷和保障双方权益，夫妻双方最好能够就子女抚养费问题进行明确协议。协议内容可以包括抚养费的数额、支付方式、支付时间等具体事项。这样不仅可以确保子女得到妥善的抚养和教育，还可以在双方关系发生变化时提供明确的法律依据和保障。

综上所述，夫妻关系存续期间双方可以协议子女抚养费问题，并且这一行为是有明确的法律依据的。在特殊情况下，如果一方未履行抚养义务，另一方或子女有权要求其支付抚养费。