您好，关于您提到的“拼多多要求上办理清关手续是否合法”以及您购物过程中遇到的清关费问题，我可以为您详细解答。

首先，需要明确的是，清关手续是跨境电商购物中必不可少的一环。当您从境外（如香港）购买商品并选择通过快递方式运送至境内（如厦门）时，商品在入境时需要经过海关的清关手续，以确保商品符合我国的进口规定，并依法征收相应的税费（如关税、增值税等）。这一流程是合法的，也是保障国家税收和消费者权益的重要措施。

接下来，针对您提到的“商家以退货会被扣下清关费为由要求您补偿清关费和运费”的情况，我们可以根据海关的相关规定来进行分析。根据《海关总署公告2020年第45号》的规定，如果退货企业在《申报清单》放行之日起30日内申请退货，并且在《申报清单》放行之起45日内将退货商品运抵原海关监管作业场所、原海关特殊监管区域或保税物流中心（B型）的，相应税款是不予征收的，并且会调整消费者个人年度交易累计金额。这意味着，在符合规定的情况下，退货是不会产生额外的清关费用的。

此外，根据海关总署公告2024年175号，寄递渠道个人物品通关时，海关仅根据相关规定征收关税、增值税等税费，而物品在未入境办理通关手续的情况下，是不会产生个人物品税费的。因此，如果您的商品在商家发货但快递公司还未揽件的情况下选择退货，理论上是不应该产生清关费用的。

综上所述，拼多多要求办理清关手续本身是合法的，但商家以退货会被扣下清关费为由要求您补偿清关费和运费，可能并不符合海关的相关规定。建议您与商家进一步沟通，明确退货政策，并保留好相关证据（如订单信息、退货申请记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。如果商家坚持要求您补偿清关费和运费，您可以向拼多多平台投诉或寻求消费者权益保护机构的帮助。