在面临拆迁协议纠纷并希望申请行政复议时，首先需要明确的是，复议申请的受理部门主要取决于作出拆迁相关行政行为的主体。以下是一份详细且清晰的指南，帮助您确定正确的复议途径：
一、确定复议申请对象
地方各级人民政府作出的拆迁相关行政行为：
- 若您对某县（市、区）人民政府作出的房屋征收决定、拆迁补偿决定等行政行为不满，应向该县（市、区）的上一级地方人民政府，即市（州、盟）人民政府申请行政复议。
国务院部门或省、自治区、直辖市人民政府作出的拆迁相关行政行为：
- 若您对省级政府或国务院部门发布的关于拆迁的政策、标准或批复等行政行为有异议，应直接向作出该行政行为的国务院部门或省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。
政府工作部门（非垂直领导）作出的拆迁相关行政行为：
- 若您对某市住建局、自然资源局等政府工作部门发放的拆迁许可证、作出的拆迁补偿安置方案等行政行为不服，既可以选择向该部门的本级人民政府（即市人民政府）申请行政复议，也可以选择向上一级主管部门（如省住建厅、省自然资源厅）申请。
实行垂直领导的行政机关作出的拆迁相关行政行为：
- 对于海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关以及国家安全机关作出的涉及拆迁的行政行为，您只能向其上一级主管部门申请行政复议。
二、准备复议申请材料
在确定复议申请对象后，您需要准备以下材料：
- 复议申请书：详细写明被申请人的基本情况、您的复议请求、主要事实和理由等。
- 证据材料：包括与拆迁纠纷相关的所有证据，如拆迁补偿决定、房屋产权证明、现场照片、录音录像等，以支持您的复议请求。
三、注意复议申请时效
请务必在知道具体行政行为之日起60日内提出复议申请。超过这一时限，复议机关可能不再受理您的申请，因此请抓紧时间准备并提交申请。
四、提交复议申请
您可以将复议申请书及相关材料通过邮寄、亲自送达或通过网络平台（如当地复议机关提供的在线申请服务）提交给相应的复议机关。
五、等待复议结果并采取后续行动
复议机关将在收到您的申请后依法进行审查，并在规定时间内作出复议决定。如果您对复议决定不服，可以依法向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径进一步维护自己的权益。
额外建议
- 咨询专业律师：拆迁纠纷往往涉及复杂的法律关系和程序，咨询专业律师可以帮助您更准确地理解法律条款和程序要求，提高复议申请的成功率。
- 保持沟通：在复议过程中，与复议机关保持沟通，及时了解复议进展和结果，有助于您更好地应对可能出现的各种情况。
希望以上指南能帮助您顺利申请行政复议，维护自己的合法权益。