对于跨越新旧法时期的土地违法行为如何适用《土地管理法》，核心原则是“从旧兼从轻”，但需结合违法行为的具体阶段、新旧法规定差异及行政处罚时效综合判断。以下是具体分析：

1. 违法行为阶段的划分是关键

• 若违法行为完全发生在新法实施前：原则上适用旧法（行为时的《土地管理法》），但需注意行政处罚的时效性（《行政处罚法》第36条规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。
• 若违法行为持续至新法实施后（如非法占地未恢复原状）：需分段适用法律。对旧法实施期间的行为按旧法处理，对新法实施后的持续状态按新法处理。例如，2019年非法占地，2020年新法实施后仍未整改，则2019年部分按旧法处罚，2020年后部分按新法加重处罚（如新法提高了罚款标准）。
• 若违法行为在新法实施前已终止，但处罚决定在新法实施后作出：一般适用旧法，但若新法处罚更轻，可适用新法（体现“从轻”原则）。

2. 新旧法条款对比：优先适用对行为人更有利的条款

• 处罚种类变化：若旧法规定“责令退还土地”，新法增加“并处罚款”，则对行为人更有利的是仅适用旧法（无罚款）。
• 处罚幅度变化：若旧法罚款上限为10万元，新法提高至20万元，则对行为人更有利的是适用旧法（按10万元以下处罚）。
• 例外情形：若新法明确规定“本法施行前发生的违法行为，适用本法”（如《土地管理法实施条例》修订时的过渡条款），则直接适用新法。

3. 行政处罚时效的独立审查

• 即使违法行为跨越新旧法，仍需单独判断是否超过行政处罚时效。例如，2018年非法占地，2023年才被发现，若按旧法处罚时效为2年，则已超期；但若新法将时效延长至5年，且违法行为持续至2020年后，则可能未超期。

4. 实务建议

• 对行政机关：在处罚决定书中需明确说明适用新旧法的依据及理由，避免因程序瑕疵被撤销。
• 对行为人：若认为适用法律错误，可在行政复议或诉讼中主张“从旧兼从轻”原则，要求撤销或变更处罚决定。

总结：跨越新旧法的土地违法案件需“分段+从轻”处理，核心是判断行为阶段、对比新旧法条款、审查处罚时效。具体案件需结合细节分析，如有疑问可直接向我咨询。