未在医疗机构注册行医，对医疗机构而言，将面临严重的法律后果，主要包括行政责任和可能的刑事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、行政责任
责令停止执业活动：
- 根据《中华人民共和国医师法》及相关规定，若医疗机构允许未注册人员行医，县级以上人民政府卫生健康主管部门有权责令该机构立即停止非法执业活动，以遏制违法行为的继续，保护患者权益。
没收违法所得和药品、器械：
- 卫生健康主管部门将没收医疗机构因允许未注册人员行医而获得的全部违法所得，以及用于非法行医的药品、医疗器械等物品。这是为了剥夺医疗机构继续从事违法活动的物质基础。
罚款：
- 医疗机构可能面临高额罚款。具体罚款数额根据违法情节的严重程度而定，可能包括违法所得的一定倍数（如二倍以上十倍以下），或者若违法所得难以确定或不足一定金额（如一万元），则直接处以一定金额（如一万元以上十万元以下）的罚款。
其他行政处罚：
- 在情节严重的情况下，医疗机构还可能面临责令停业整顿、吊销《医疗机构执业许可证》等更加严厉的行政处罚。这将根据具体案件的情况和法律法规的规定来决定。
二、刑事责任
- 非法行医罪：
- 如果医疗机构允许未注册人员行医，且该行为情节严重，如造成患者轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者因非法行医被卫生行政部门行政处罚两次后再次非法行医等，可能构成非法行医罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。
三、法律建议与后果考量
严格遵守法律法规：
- 医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保所有行医人员均具备合法的执业资格，并已完成注册手续。这是避免法律风险、保障患者权益的基本要求。
加强内部管理：
- 医疗机构应加强内部管理，建立严格的行医人员资格审核机制，防止未注册人员从事医疗活动。同时，应定期对行医人员进行培训和考核，确保其具备必要的专业知识和技能。
承担法律责任的风险：
- 若医疗机构允许未注册人员行医，将面临严重的法律后果，包括行政处罚和可能的刑事处罚。这不仅会损害医疗机构的声誉和利益，还可能对患者的生命安全和身体健康造成严重威胁。
总结来说，未在医疗机构注册行医对医疗机构而言是违法的，将受到严厉的法律制裁。医疗机构应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保所有行医人员均具备合法的执业资格。若您在医疗医患领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。