结论：应急队员休年休假时，原则上不应扣除应急补贴，但具体是否扣除需结合补贴性质、劳动合同约定及单位规章制度综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从补贴性质看：应急补贴是否属于“固定工资组成部分”

• 若应急补贴是固定发放的津贴（如每月随工资发放的岗位津贴、危险作业补贴等），属于劳动者正常劳动的固定报酬，则休年休假期间单位应全额支付工资及补贴，不得扣除。
  
• 若应急补贴是临时性、按次或按任务发放的奖励（如参与应急任务后的额外奖励），且年休假期间未实际参与应急任务，单位可能无需支付该部分补贴，但需明确约定或公示制度。

2. 从劳动合同及规章制度看：单位是否有合法依据

• 根据《劳动合同法》第4条，单位规章制度需经民主程序制定并公示，且不得违反法律强制性规定。若单位规章制度明确规定“休年休假期间扣除应急补贴”，需审查该条款是否合理：
  
  • 若补贴与“实际提供劳动”直接挂钩（如按出勤天数计算），扣除可能合法；
    
  • 若补贴属于固定福利或劳动报酬组成部分，扣除则涉嫌违法。
    
• 若劳动合同中明确约定“年休假期间不享受应急补贴”，需结合补贴性质判断条款效力，但单位不得通过格式条款免除法定责任。

3. 从年休假性质看：劳动者依法享有的带薪休假权利

• 根据《职工带薪年休假条例》第2条，劳动者在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。若应急补贴属于“工资收入”范畴（如构成劳动报酬的一部分），单位扣除可能违反带薪休假规定。
  
• 实践中，若补贴属于“风险性、特殊性岗位的额外补偿”（如消防员的高危补贴），部分地区可能支持单位在劳动者未实际履职时暂停发放，但需以地方性法规或政策为依据。

4. 建议操作步骤

• 核查补贴性质：确认应急补贴是固定津贴还是临时奖励，是否写入劳动合同或工资条；
  
• 审查单位制度：查看规章制度是否经民主程序制定，是否明确扣除条件；
  
• 协商或投诉：若单位无正当理由扣除，可先协商解决；协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

提示：若涉及具体案件，建议提供补贴发放方式、劳动合同条款等细节，以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。