当您在修房过程中遇到基本农田的问题时，这确实是一个需要严肃对待并依法依规处理的情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：

一、立即停止违法行为

一旦发现您的修房行为可能占用了基本农田，首要任务是立即停止施工。基本农田是受到法律严格保护的，任何单位和个人都不得擅自改变其用途。继续施工不仅可能面临法律处罚，还会对农业生产造成不可逆转的损害。

二、深入了解相关法律法规

在处理此类问题时，了解并遵守相关法律法规至关重要。您需要重点关注以下两部法律：

1. 《中华人民共和国土地管理法》：这部法律明确规定了基本农田的保护制度，禁止任何单位和个人在基本农田上从事非农业建设。
2. 《基本农田保护条例》：该条例对基本农田的保护、管理、监督等方面作出了具体规定，是处理此类问题的直接依据。

三、主动向相关部门报告并寻求指导

1. 报告情况：您应尽快向当地自然资源部门或农业农村部门报告您的情况，表达您的整改意愿，并请求他们给予指导和帮助。
2. 配合调查：在政府部门进行调查时，您应如实提供相关信息和资料，协助他们了解事情的全貌，以便他们能够给出更准确的指导和建议。

四、采取切实可行的补救措施

根据具体情况，您可以考虑以下补救措施：

1. 拆除违建房屋：如果占用的基本农田面积较小，且未造成严重后果，您应主动拆除违建房屋，恢复土地原状。在拆除过程中，请注意安全，避免对环境造成二次破坏。
2. 尝试补办用地手续（如条件允许）：在某些特殊情况下，如果您的修房行为符合土地利用总体规划和相关规划要求，且经过法定程序批准，您可能有机会补办用地手续，将农用地转为建设用地。但这一过程通常难度较大，且需要满足一系列条件。即使补办了用地手续，也必须确保不损害基本农田的保护功能和农业生产能力。
3. 接受罚款并承担相应责任：根据相关法律法规的规定，非法占用基本农田进行建设的行为将面临罚款等行政处罚。您应积极配合政府部门的处罚决定，按时缴纳罚款，并接受其他相应的处罚措施。

五、加强法律法规学习，提高法律意识

为了避免类似问题的再次发生，我建议您组织或参与相关法律法规的学习活动，提高自己对基本农田保护的认识和法律意识。同时，也要树立法治观念，明白任何违反法律法规的行为都将受到法律的制裁，从而自觉遵守相关规定。

总之，处理修房遇到基本农田的问题需要谨慎对待并依法依规进行。希望以上建议能对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询。