结论：股东间签订的合作协议，一般情况下不能直接以目标公司为被告进行起诉，但具体是否可以起诉目标公司，需根据合作协议的具体内容、签订主体以及纠纷性质等因素综合判断。
分析说明：
合同相对性原则：
- 根据合同法的基本原则，合同具有相对性，即合同的权利义务主要约束合同签订的双方。在股东间签订的合作协议中，如果协议的签订主体是股东之间，而非股东与目标公司，那么该协议主要约束的是股东之间的权利义务关系。
- 因此，在一般情况下，如果合作协议的签订主体是股东之间，且协议内容未涉及目标公司的权利义务，那么股东不能直接以目标公司为被告提起诉讼。
协议内容涉及目标公司：
- 如果合作协议中明确约定了目标公司的权利义务，或者协议的履行与目标公司密切相关，且目标公司作为协议的一方或受益方参与了协议的签订或履行过程，那么在这种情况下，股东可能有权根据协议内容以目标公司为被告提起诉讼。
- 例如，如果合作协议中约定了目标公司需向股东支付特定款项或提供特定服务，而目标公司未履行该义务，那么股东可能有权依据协议起诉目标公司。
公司法相关规定：
- 根据公司法的相关规定，股东与公司之间是独立的法律主体，股东不能随意以公司名义或代表公司进行诉讼。股东在维护自身权益时，需遵循公司法的程序和规定。
- 如果股东认为公司侵犯了其合法权益，如股东权益被稀释、公司决策违反公司章程或法律法规等，股东可以通过提起股东代表诉讼或直接诉讼等方式来维护自身权益，但这与基于合作协议起诉目标公司是不同的法律途径。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如合作协议被认定为构成对目标公司的实际控制或影响，且该协议的内容违反了法律法规或公司章程的规定，损害了目标公司或其他股东的利益，那么相关利益方可能有权依据公司法或其他相关法律法规提起诉讼，要求确认协议无效或撤销协议等。但这种情况下的诉讼主体和诉讼理由与基于合作协议直接起诉目标公司是不同的。
行动建议：
- 如果您作为股东，认为合作协议的履行过程中存在纠纷，且希望起诉目标公司，建议您首先仔细审查合作协议的内容，明确协议的签订主体、权利义务关系以及纠纷性质。
- 如果协议内容确实涉及目标公司的权利义务，且您认为目标公司未履行相关义务或违反了协议约定，那么您可以考虑咨询专业律师，评估起诉目标公司的可行性和风险，并根据律师的建议制定合适的诉讼策略。
- 同时，您也可以考虑通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷，以降低诉讼成本和时间成本。
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