银行可以根据协议书止付公户金额，但这一行为必须合法合规，且需满足一定的条件。以下从多个角度进行分析：

一、合法性基础

1. 合同约定：如果银行与账户持有人（或相关方）在协议书中明确约定了止付条款，包括止付的条件、期限、方式等，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么银行在符合约定条件的情况下，有权依据协议书止付公户金额。

2. 法律法规：根据《中华人民共和国商业银行法》等相关法律法规，银行在特定情况下，如账户涉及违法犯罪活动、存在重大风险等，有权采取止付等风险控制措施。但这种情况下的止付通常需要银行提供充分的证据，并可能涉及法律程序。

二、止付条件与程序

1. 协议约定条件：银行止付公户金额必须严格依据协议书中的约定条件进行。例如，如果协议书约定在账户持有人违约或发生特定风险事件时，银行有权止付，那么银行在确认这些条件成就后，方可采取止付措施。

2. 通知义务：银行在止付前，通常应履行通知义务，告知账户持有人止付的原因、期限等，以便账户持有人及时了解情况并采取相应措施。

3. 法律程序：如果止付涉及法律纠纷或需要法院、仲裁机构等介入，银行应遵循相关法律程序，如申请财产保全、提供担保等。

三、可能的风险与后果

1. 违约责任：如果银行未经合法依据或违反协议书约定擅自止付公户金额，可能构成违约，需要承担违约责任，包括赔偿账户持有人的损失等。

2. 法律纠纷：止付行为可能引发法律纠纷，如账户持有人提起诉讼或仲裁等。在这种情况下，银行需要证明其止付行为的合法性和合理性。

3. 声誉风险：不当的止付行为可能对银行的声誉造成负面影响，影响客户信任度和业务发展。

四、建议与注意事项

1. 审慎签订协议书：账户持有人在与银行签订协议书时，应仔细阅读止付条款，确保理解并同意其中的内容。如有疑问或需要修改，应及时与银行沟通并达成一致。

2. 保留证据：银行在采取止付措施前，应确保有充分的证据支持其决定，并妥善保留相关证据以备不时之需。

3. 及时沟通：如果账户持有人对止付行为有异议或需要了解更多信息，应及时与银行沟通并寻求解决方案。

4. 寻求法律帮助：如果止付行为引发法律纠纷或账户持有人认为其权益受到侵害，可以寻求专业律师的帮助以维护自身权益。

总结来说，银行可以根据协议书止付公户金额，但必须确保行为的合法性和合规性，并遵循相关条件和程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。