针对村民小组作为原告的补偿款分配不符合法定程序的情况，是选择确认合同无效还是撤销合同，这主要取决于具体的法律事实和程序瑕疵的性质。以下是从不同角度进行的分析：
确认合同无效的角度：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，以及行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益等。如果补偿款分配合同存在上述情形，且这些情形与分配程序的不符合法定程序有直接关联，那么村民小组作为原告可以主张确认合同无效。
- 适用情形：例如，如果分配合同是在未经过村民小组会议或村民代表会议讨论通过的情况下签订的，且该程序是法律明确规定的必经程序，那么这种程序瑕疵可能构成合同无效的理由。
撤销合同的角度：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于可撤销合同的规定，如果合同是在一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下签订的，或者合同显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。在补偿款分配的情境中，如果分配程序的不符合法定程序导致了分配结果的不公平或损害了村民小组的合法权益，且这种损害与程序瑕疵有直接因果关系，那么村民小组可以主张撤销合同。
- 适用情形：例如，如果分配合同虽然经过了某种形式的讨论，但讨论过程存在严重不透明、不公正的情况，导致分配结果明显偏向某一方或损害了村民小组的整体利益，那么村民小组可以基于程序瑕疵和结果不公平的理由主张撤销合同。
法律建议：
- 详细审查合同及分配程序：村民小组应首先详细审查补偿款分配合同的内容以及分配程序的具体执行情况，确定是否存在违反法律、行政法规的强制性规定或程序瑕疵。
- 咨询专业律师：由于合同无效和撤销合同的法律后果和程序要求各不相同，且涉及复杂的法律事实和证据收集，因此建议村民小组在采取行动前咨询专业律师，以便更准确地评估法律风险和制定合适的诉讼策略。
- 准备充分证据：无论选择确认合同无效还是撤销合同，村民小组都需要准备充分的证据来支持其主张，包括合同文本、分配程序的相关记录、村民会议或村民代表会议的讨论记录等。
可能法律后果：
- 如果法院最终确认合同无效或撤销合同，那么补偿款分配合同将自始没有法律约束力，村民小组有权要求重新进行分配或寻求其他法律救济。
- 如果法院认为合同有效且程序瑕疵不足以构成撤销或确认无效的理由，那么村民小组可能需要接受当前的分配结果或寻求其他非诉讼途径解决争议。
综上所述，村民小组作为原告在面对补偿款分配不符合法定程序的情况时，应根据具体的法律事实和程序瑕疵的性质选择确认合同无效或撤销合同。在做出决定前，建议详细审查合同及分配程序、咨询专业律师并准备充分证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。