合同原件应由主张合同无效的一方，即原告农户提交。以下是详细分析：

一. 合同无效的主张与举证责任

1. 主张合同无效的主体：在合同纠纷中，若一方认为合同无效，该方需承担举证责任，以证明合同存在无效的情形。
2. 举证责任分配：根据“谁主张谁举证”的原则，主张合同无效的一方（原告农户）应负责提供证据，包括合同原件或其他能证明合同无效的证据。

二. 合同原件的重要性

1. 证据效力：合同原件是最直接、最有力的证据，能够准确反映合同的内容及双方的真实意思表示。
2. 证明合同无效的关键：合同原件中可能包含导致合同无效的关键条款或信息，如违反法律法规的强制性规定、存在欺诈或胁迫等情形。

三. 提交合同原件的义务

1. 原告的举证义务：作为主张合同无效的一方，原告农户有义务提交合同原件以支持其主张。
2. 被告的协助义务：虽然合同原件可能由被告持有，但被告在诉讼过程中应协助法院查明事实，包括提供合同原件等必要证据。若被告拒绝提供，法院有权根据其他证据及法律规定作出判决。

综上所述，在被告与村民小组签订的合同确认无效的诉讼中，合同原件应由主张合同无效的一方，即原告农户提交。这是基于“谁主张谁举证”的原则，以及合同原件在证明合同无效方面的重要性。若原告无法提交合同原件，应尽可能提供其他能证明合同无效的证据。如有进一步需要，您可以继续咨询我。