结论：针对单位施工淹没农民地里树木且超过三年的情况，需从诉讼时效、侵权责任认定及赔偿范围三个核心角度进行综合分析。以下为具体法律分析：
一、诉讼时效是否已过？
诉讼时效期间
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 关键点：若农民在树木被淹后三年内未主张权利，且无诉讼时效中断、中止的法定事由（如向施工单位提出赔偿要求、协商处理等），则可能丧失胜诉权。
- 例外情形：若施工单位明确承认侵权事实（如书面承诺赔偿），或农民能证明存在不可抗力等导致无法及时主张权利的情形，诉讼时效可能重新计算或中止。
超过诉讼时效的后果
若诉讼时效已过，施工单位可提出时效抗辩，法院将驳回农民的赔偿请求。但需注意：
- 诉讼时效届满不导致权利消灭，仅丧失胜诉权；
- 若施工单位自愿履行赔偿，不得以时效届满为由反悔。
二、侵权责任是否成立？
侵权构成要件
根据《民法典》第一千一百六十五条，施工单位需满足以下条件才构成侵权：
- 行为违法性：施工行为违反环保、水利等相关法规（如未采取防渗措施）；
- 损害结果：树木因淹水死亡或生长受损；
- 因果关系：淹水与树木损害之间存在直接关联；
- 主观过错：施工单位存在故意或过失（如未尽合理注意义务）。
举证责任分配
- 农民需初步证明：树木被淹的事实、损害结果（如树木死亡数量、价值评估）；
- 施工单位若主张免责，需证明其已采取必要防护措施或损害由不可抗力、第三方行为导致。
三、赔偿范围如何确定？
直接损失
包括被淹树木的市场价值、清理费用等，需通过评估或市场询价确定。
- 计算公式：赔偿金额 = 树木数量 × 单株市场价值 + 清理费用
- 示例：若100棵树单株价值500元，清理费用2000元，则赔偿金额为52,000元。
间接损失
若树木为经济作物（如果树），可主张预期收益损失（如未来3年的果实收入），但需提供产量、价格等证据。
- 计算公式：预期收益 = 年均产量 × 单价 × 受损年限
- 示例：若年均产果2000斤，单价5元/斤，受损3年，则预期收益为30,000元。
免赔情形
若损害由自然灾害（如暴雨）导致，且施工单位无过错，可能不承担赔偿责任；但若施工行为加剧了损害（如堵塞排水通道），仍需按过错比例赔偿。
四、实务建议
立即取证
- 固定证据：拍摄现场照片、视频，保存树木死亡记录、施工合同等；
- 申请鉴定：委托林业部门或专业机构评估树木价值及因果关系。
协商或诉讼
- 优先协商：通过村委会或第三方调解机构与施工单位沟通；
- 及时起诉：若协商无果，需在诉讼时效内（三年）向法院提起侵权之诉。
注意时效中断
若农民在三年内曾向施工单位主张权利（如发律师函、报警记录），可中断诉讼时效并重新计算三年期间。
总结：若诉讼时效未过且侵权责任成立，农民有权要求施工单位赔偿直接及间接损失；若时效已过，需评估施工单位是否自愿履行或存在时效中断事由。建议农民尽快取证并咨询专业律师，制定具体维权方案。