当农民的土地因施工被淹时，赔偿问题需要根据具体情况和相关法律法规来处理。以下是一些详细的解答和建议：

一、明确损失范畴

首先，要全面评估农田被淹所造成的损失。这包括直接损失，如农作物受损的价值、土壤肥力下降等，以及间接损失，如因农田受损而可能引发的后续种植收益减少。对损失的准确评估是后续赔偿协商或诉讼的基础。

二、确定责任方

接下来，要明确导致农田被淹的责任方。如果是施工方因未采取恰当的防护措施或排水不当等过错导致农田被淹，那么施工方应当承担赔偿责任。在确定了责任方后，可以与其进行赔偿协商。

三、赔偿方式

赔偿方式一般有以下几种：

1. 恢复原状：如果具备可行性，可以要求施工方将农田恢复到被淹前的状态。
2. 支付赔偿金：如果恢复原状不可行或双方协商同意，施工方应支付相应的赔偿金来弥补农民的损失。

四、协商与诉讼

1. 友好协商：在明确了损失和责任后，农民可以与施工方进行友好的协商，尝试达成赔偿协议。
2. 提起诉讼：如果协商无法达成一致，农民可以向法院提起诉讼，要求施工方承担相应的赔偿责任。在诉讼过程中，农民需要提供充分的证据来支持自己的主张，如照片、现场勘查报告、证人证言等。

五、注意事项

1. 及时收集证据：在农田被淹后，农民应尽快收集相关证据，以便在后续的协商或诉讼中使用。
2. 咨询专业法律人士：在处理赔偿问题时，建议农民咨询专业的法律人士，以确保自己的权益得到有效维护。
3. 了解当地政策：农民还可以了解当地政府和相关部门是否有相关的救助政策或补偿机制，并按照规定提交申请。

总之，面对农田因施工被淹的情况，农民应依据相关法律法规来维护自己的合法权益。通过明确损失范畴、确定责任方、选择合适的赔偿方式以及进行友好的协商或诉讼等途径，可以寻求到合理的赔偿。