针对您提出的“城市自来水管线施工毁掉的单位树木怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，施工损坏城市树木的行为通常需要依据《中华人民共和国民法典》以及地方性的城市绿化条例等相关法律规定来处理。这些法律为树木损坏的赔偿提供了明确的法律依据。

一、确定树木价值

在赔偿过程中，首要步骤是确定被损坏树木的价值。这通常需要委托专业的评估机构来进行评估。评估机构会考虑树木的种类、年龄、生长状况、市场价值等多个因素，从而给出一个相对准确的损失数额。

二、赔偿内容

赔偿的内容通常包括以下几个方面：

1. 树木购置成本：即购买或种植该树木时所花费的费用。
2. 移植费用：如果树木还可以移植并存活，那么移植过程中所产生的费用也应纳入赔偿范围。
3. 恢复生态环境费用：由于树木的损坏可能对周边生态环境造成影响，因此恢复生态环境所需的费用也应考虑在内。
4. 间接损失：如果因为树木的损坏导致树木所有者遭受了其他间接性的损失，如商业经营收入减少等，这些损失也应在赔偿范围内。

三、协商与诉讼

在确定赔偿内容和数额后，施工方应与树木所有者进行协商，以达成一致的赔偿意见。如果双方无法达成一致意见，那么可以通过民事诉讼的途径来解决争议。法院会根据具体的实际情况，包括树木的价值、损坏程度、间接损失等因素，来判定赔偿的金额以及赔偿的方式。

四、实际案例参考

以某市城管执法支队查处的施工损坏城市树木案件为例，施工公司在施工过程中未采取防护措施，导致绿化带内多棵树木被碾压倒伏死亡。依据地方性的城市绿化条例，城管执法支队根据绿化损失情况，依法给予了该公司相应的行政处罚。这一案例说明了施工损坏城市树木的行为将受到法律的制裁，并需要承担相应的赔偿责任。

综上所述，城市自来水管线施工毁掉的单位树木的赔偿问题，需要依据相关法律规定来处理。在赔偿过程中，应确定树木的价值，明确赔偿内容，并通过协商或诉讼的途径来解决争议。希望以上解答能对您有所帮助。