公司支付员工违约金赔偿款是否涉及税款，主要取决于赔偿款的性质、来源以及相关税收法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
解除劳动关系取得的一次性补偿收入
- 税收政策：根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）第五条规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表计算纳税。
- 实例说明：假设当地上年职工平均工资为10万元，员工获得40万元的一次性补偿金，则其中30万元免征个税，超出的10万元需单独计税。具体计算公式为：应纳税额 = 超出部分 × 适用税率 - 速算扣除数（根据综合所得税率表确定）。
工伤赔偿金
- 税收政策：根据《工伤保险条例》（国务院令第586号），工伤职工及其近亲属取得的工伤保险待遇，包括一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等，均免征个人所得税。
- 说明：工伤赔偿金是对工伤职工的补偿和保障，不属于应税所得范畴，因此无需缴纳个人所得税。
其他特定事项的赔偿
- 国家赔偿与特定赔偿：如保险赔款、拆迁补偿等，通常免征个人所得税。这些赔偿往往是对个人因特定事件（如自然灾害、政府行为等）遭受损失的补偿，不具有经营或投资性质。
- 竞业限制补偿金：员工因竞业限制取得的经济补偿金需缴纳个人所得税。一次性领取时个税可能较多，分月领取则个税相对较少。
- 合同违约赔偿金：对于企业而言，因合同违约获得的赔偿金应计入应税收入，并缴纳企业所得税。对于个人而言，虽然合同违约赔偿金通常不直接视为应税所得，但若该赔偿金实质上属于劳务报酬或其他应税所得的一部分，则仍需缴纳个人所得税。
企业间赔偿与经营活动相关的赔偿
- 企业间赔偿：如企业因合同违约支付给对方的赔偿金、违约金等，若与企业经营活动相关，对于收取方而言，可能需要缴纳增值税和企业所得税。这是因为这类赔偿具有经营性质，属于企业经营活动的一部分。
- 个人经营活动中的赔偿：如果个人从事经营活动，并因此获得具有经营性质的赔偿金，也可能需要缴纳个人所得税。这同样是因为赔偿金被视为经营所得的一部分。
总结与建议：
- 在处理公司支付员工违约金赔偿款的税务问题时，应首先确定赔偿款的性质和数额。
- 根据赔偿款的性质、来源以及相关税收法规的规定，判断是否需要缴纳税款以及缴纳何种税款。
- 由于税务政策可能复杂且多变，建议在实际操作中结合具体情况进行细致分析。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。