用人单位对员工罚款且员工不同意的情况下，若员工申请劳动仲裁，用人单位可能面临返还罚款、支付经济补偿金等法律后果，具体需结合罚款合法性及实际情况判断。以下是详细分析：

1. 罚款的合法性审查
   根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位并非行政机关，原则上无权对员工进行罚款。若罚款缺乏合法依据（如规章制度未经民主程序制定、未公示、内容违法等），则属于违法行为。此时，员工申请仲裁要求返还罚款的，仲裁机构通常会支持员工的请求，要求用人单位全额返还罚款金额。

2. 罚款与解除劳动合同的关联性

   • 若罚款导致员工被迫离职：若用人单位以罚款为手段变相逼迫员工离职（如多次罚款、罚款金额过高导致员工生活困难等），员工可能以“被迫解除劳动合同”为由申请仲裁，要求用人单位支付经济补偿金。经济补偿金的标准为：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资（六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资）。
     
   • 若罚款未导致离职但违法：即使罚款未直接导致员工离职，若罚款行为本身违法（如规章制度违法），员工仍可要求返还罚款，但通常不直接涉及经济补偿金。不过，若罚款行为伴随其他违法行为（如未及时支付工资、未缴纳社保等），员工可能叠加主张其他权益。

3. 举证责任与证据要求
   员工申请仲裁时，需承担初步举证责任，证明用人单位存在罚款行为（如罚款通知、工资条扣款记录、规章制度条款等）。用人单位若主张罚款合法，则需提供相反证据（如规章制度经民主程序制定、已公示、罚款金额合理且与员工过错程度相当等）。若用人单位无法提供充分证据，将承担不利后果。

4. 实务建议

   • 对用人单位：避免随意罚款，应通过合法方式管理员工（如绩效扣分、警告、解除合同等）。若需制定罚款制度，需确保制度内容合法、程序合规，并明确罚款上限（通常不超过月工资的20%）。
     
   • 对员工：若遭遇违法罚款，可先与用人单位协商要求返还；协商不成，及时申请劳动仲裁，并保留好相关证据（如罚款通知、工资条、规章制度等）。

总结：用人单位对员工罚款的合法性是核心争议点。若罚款违法，员工申请仲裁后，用人单位需返还罚款；若罚款行为伴随其他违法行为或导致员工被迫离职，用人单位还可能需支付经济补偿金。具体案件需结合证据和实际情况综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。