结论：在民事执行案件中，即使被执行人的轿车已作抵押，法院在符合法律规定的情况下仍有权对其进行扣押。这一行为不仅符合法律法规的授权，也是维护司法判决权威和债权人合法权益的必要措施。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律赋予的权力与执行需要
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十五条的规定，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产（但应当保留被执行人及其所扶养家属的生活必需品）。这一规定明确了法院在执行案件等司法活动中拥有广泛的权力，包括扣押财产，以确保判决的顺利执行和维护司法权威。当车辆所有人涉及债务纠纷、民事赔偿等案件时，为防止其转移财产逃避执行，法院有权依据该条款对该车辆实施扣押，以保障债权人的权益。
二、抵押权与扣押的关系
- 抵押权人的优先受偿权：依据《中华人民共和国民法典》，车辆办理抵押登记后，抵押权人在车辆处置变现时享有优先受偿权。但这并不影响法院基于司法权力对车辆进行扣押等处置行为。
- 法院的扣押权：《关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》明确指出，法院对被执行人所有的、其他人享有抵押权的财产，可以采取查封、扣押措施。财产拍卖、变卖后所得价款，应优先用于清偿抵押权人的债权。
三、具体法律规定与程序
法律规定：
- 《中华人民共和国民法典》第三百九十四条和第四百零三条分别规定了抵押权的设立和对抗效力，强调了抵押权人的优先受偿权，但并未排除法院对抵押财产的扣押权。
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十五条规定了法院在执行中可以向有关单位发出协助执行通知书，确保财产权证照转移手续的办理（此条虽未直接提及车辆扣押程序细节，但与整体执行框架相关）。
- 《关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第二十九条明确了拍卖成交或抵债后财产权的转移时间。
扣押程序与保障措施：
- 合法性：法院在扣押车辆时，必须基于合法的理由和依据，如债务人未履行法院判决等，并遵循《民事诉讼法》及相关司法解释规定的程序。
- 通知义务：查扣后，法院应及时通知相关当事人，包括车辆所有人和抵押权人，告知其权利和义务。
- 优先受偿：在车辆被依法拍卖、变卖后，所得价款会首先用于清偿抵押权人所享有的合法债权，确保抵押权人的优先受偿权得到实现。
四、实际操作中的注意事项
- 证据收集：在申请法院扣押车辆前，债权人应确保已收集到充分的证据证明债务人未履行义务，以及车辆属于被执行人所有且未设定其他优先受偿权（除已知的抵押权外）。
- 程序合规：债权人应严格按照法律规定的程序向法院申请扣押车辆，包括提交书面申请、提供相关证据材料等。
- 后续处置：在车辆被扣押后，债权人应关注车辆的后续处置情况，确保所得价款能够优先用于清偿自己的债权。
总结与建议：在民事执行案件中，即使被执行人的轿车已作抵押，法院在符合法律规定的情况下仍有权对其进行扣押。债权人应了解并遵循相关法律法规和程序要求，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。